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就像查尔斯教授说的，洛根几人离开地球后，地球上发生了很多很多事。
首先是神盾局被解散了，尼克.福瑞也不再是局长了。现在的神盾局由明转暗局长也换成了在纽约大战中被洛基杀死后又被尼克.福瑞救活的菲尔.科尔森。
九头蛇的势力盘根错节，自二战胜利以来他们就开始侵入各个机关部门，被尼克.福瑞一手壮大的神盾局更是成了九头蛇成长的温床。
为了铲除对九头蛇为威胁的人，九头蛇的几个最高领导利用手里的权力建造了三架围绕地球运行的高空航母，待航母升空后就可以靠着一款运算和航母上的武器一次性消灭所有会和九头蛇作对的人。
察觉到惊天阴谋的尼克.福瑞遭到了追杀，在追杀途中尼克.福瑞假死逃过了一劫，而后尼克.福瑞利用自己的假死以及美国队长，娜塔莎特工等人破坏了九头蛇的计划。
虽然计划被破坏，但是已经被九头蛇渗透的神盾局也不能再继续运行，由科尔森领导的神盾局其实已经成了非法组织，但是即使如此，那些九头蛇的剩余势力仍旧要靠神盾局来解决。
神盾局的事刚解决钢铁侠就出事了，托尼的别墅自由之城被一伙自称为曼达林信徒的不法分子给炸了，很多人以为托尼在爆炸中牺牲了，但是九死一生脱离危险后的他最终还是找到了真正的“曼达林”将其消灭了。