因此，现在要重新将这些剿寇军队撤回直隶勤王，中原空虚，必须要重建卫军，否则刘重元这个五省总理名头虽响确是光杆儿司令，那有什么用。
按照刘重元的规划，山东、河南、江北、湖广和四川五省，每个省应当有一名总兵官兼任当省都指挥使，总兵官能够指挥营兵主征伐，都指挥使主掌省内所有的卫所，两职合一才能更好的指挥掌控一省的所有军队。总兵之上仍由巡抚总理军务兼理粮饷，虽然平时由巡抚监督、管理总兵、副总兵等统领的本省军队，但是战事，各总兵将领直属刘重元直接指挥。
按制，总兵官直辖正兵营五千人，另外总兵之下有副总兵一人，掌握奇兵营三千五百人，由参将统领的援兵营三千人，由游击统领的游兵营两千人，总兵官对副总兵和游击只有职级上下之别，没有上下隶属关系，一体由巡抚统一指挥。
虽然一心想要建立新军，看不上这种因应抗击蒙古人寇边而产生的畸形军制，但是一时半会儿刘重元也不想改了，先凑合着用着吧。
各省因防务需要的不同，刘重元建议副总兵、参将和游击的数量可以做一定调整，以便能够驻扎各战略要地，往来机动清剿流寇。
河南位于中原腹心，又是流寇肆虐的重灾区，需要驻防的战略要地很多。河南省城开封是周王王府所在，四周河流纵横，处汴河中枢位置，向西连接黄河、渭河而直达洛阳，长安，往东南经淮河、大运河抵达长江，无论是政治、军事地位都十分重要，万不可有失，因此必须驻以重兵，除了河南巡抚标营之外，刘重元还准备将河南总兵驻防在这里。
陕州地处陕西、山西和河南三省交界，是陕西进入中原或者河南进入陕西的交通要道，堵住了这里，也就基本上可以锁住了流寇往来中原和西北的咽喉，地理位置甚至比开封还要重要，因此这里必须驻扎重兵，当以副总兵驻守。
南阳地处勋阳、湖广三省交界，这一带也是流寇活动最为猖獗的地方。勋阳从明中期开始一直因为流民问题而动荡不止，爆发过大的流民起义都有好几次，天然是流寇的大本营，因此，朝廷专门在这里设立了勋阳巡抚进行治理。李自成被打的奄奄一息只剩下18人逃到了商洛山中，商洛山就位于勋阳，张献忠投降蛰伏于谷城，也是在勋阳。因此，南阳对于河南来说战略位置非常重要，卡住了南阳也就挡住了勋阳流寇进入河南的通道，刘重元认为也需要副总兵来驻守。
其他汝州、汝宁府、彰德府等地，虽然战略地位不如以上三处重要，但也是天下之要冲，需要驻以重兵，对这些地方，或以参将、或以游击充任。
这样一来，仅仅是河南一地，就需要总兵一员、副总兵两员，参将、游击数员，再加上巡抚标营，总兵力至少需要两万人以上。
湖广虽然面对流寇肆虐压力小一点，但是临近勋阳的襄阳，临近大别山面对革左五营的黄州府，以及承天府等，都需要以重兵镇守。
山东大股的流寇已经肃清，但是小股的盗匪仍然满山满谷四处劫掠，将一个富饶的齐鲁大地糟蹋成了一片荒芜，亟待剿灭土匪流寇恢复生产。
江北也就是南直隶长江以北的几个府，包括安庆、泸州、淮安、凤阳等，其曾经在崇祯八年被流寇肆虐，死伤惨重，好在这里底子相对较厚，恢复的较快。
四川作为四塞天府之国，这些年来遭受流寇肆虐较少，但是安邦彦等土司造反，牵连十余年，一度打到成都城下，直到去年才将将平定下来，结果李自成又率军攻入四川，一举攻占四川三十多个州县，整个四川可谓是饱经战乱之苦，好在去年刚刚上任的四川巡抚傅宗龙忠直淳朴、上马管军下马管民、文武兼资，能够将四川治理的很好，不用刘重元太过操心。
待将五省军事部署一一介绍完毕，刘重元总结道：“以当前之形式，东面山东、江北大体宁静，督抚、将领应当扫荡小股寇匪，积极恢复生产，储备粮食以为西部诸省之有力支撑；中部河南、湖广面临勋阳地区巨大的蛰伏流寇的军事压力，必须布置重兵，以便在流寇再次作乱时能够第一时间将其镇压，避免其流窜祸害更多的地区。”
五省仅仅是正规军马，包括刘重元的总督亲军部队督标，五个巡抚的抚标，五个总兵的正兵营，七个副总兵的奇兵营，12个参将的油兵营以及16个游击的游兵营，满编的话总计兵力达到十五万人，这个兵力几乎是当前中原官军兵力的两倍还多，如果真能实现，别说现在已经大有好转的局面，就算是流寇最肆虐的时候也能将其完全镇压下去。
即便是这样，刘重元仍然嫌不够。五省幅员数千里，黄河、长江、汉江等多条江河流过、大别山、桐柏山、秦岭等大山是流寇天然的躲藏地，这样广阔复杂的土地上，十五万人撒下去，那就像是一盘棋子洒向荷塘，形成的军事封锁网窟窿大的吓人，再加上官军行动迟缓反应缓慢，很有可能形成流寇在官军的重围中左冲右突，如泥鳅一般滑溜。形式不好的时候藏进山里蛰伏，形式好的时候出山大干一场，万一攻下哪座名城大邑，那刘重元的政治生命可就结束了。
因此，刘重元再一次向皇帝和内阁当面提议，鼓励各地士绅大办团练。所谓团练，就是老百姓自己组织起来，操练兵器，练习搏击，以避免土匪来抢劫。当然仅仅靠普通百姓自然不行，必须要有地方上有头有脸又有钱的头面人物来组织才行，而这个重任当然要由有功名的士绅来担任。