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刘重元正式开始办理公务，虽然在兵部，对于地方尤其是军镇十分了解，但是打开熊文灿移交兵马花名册一看，眉头紧皱。花名册内开列总理节制的官兵丁健共一万零八百二十二名，马骡七千三百七十五匹头。其中左良玉部五千、陈洪范部二千、云南副将龙在田部一千，直属总理麾下的直属标兵不过二千八百余，马一百四十余匹。当然这只是纸面上的编制数字，像左良玉所部，刘重元就知道肯定不止五千，至少有两万余人，如果加上归其指挥的投降流寇曹威、马进才、于汝虎等部，估计有五六万人之多。
而其他投降的各部流寇则高达数万人之多，其中最多的是张献忠所部，有兵丁一万一，屯田耕种的一万八千；顺义王有一万多人，其他刘国能、刘士杰所部五千。
看的刘重元头顶直冒冷汗，这招降的流寇数量远远多过官军数量，尾大不掉，虽是有可能遭到流寇的反噬。
目下归刘重元节制的军队还有河南巡抚常道立所部五千多人；湖广巡抚方孔诏所部五千多人；郧阳抚治王鳌永所部六千；偏沅巡抚陈睿谟所部四千；湖广总兵钱中选所部五千，专护承天祖陵；四川巡抚傅宗龙所部五千多人，四川总兵罗尚文所部五千多人；山东巡抚颜继祖三千多人，山东总兵倪宠所部四千多人。这些军队按照诏令是负责剿灭各自省内流寇，同时各守各省边境防止流寇窜入的。因此刘重元只能战略上指挥，而不能实际管理。
这样算下来，刘重元麾下需要从他这里领取军饷的明军合计五万余人，月需饷银十万两。关键是这只是纸面上所需饷银，各总兵麾下超出的兵力且不去说它，单说投降的流寇有十万人左右，这些人朝廷是没拨一分钱的饷银，接受流寇投降整编成明军却不拨发饷银，首先从道理上就说不过去，皇帝不差饿兵呢！
从利害角度来说这种状态也不能持续下去，目下朝廷大军在侧其投降时日尚短还好，一旦朝廷大军北上抗击东虏，时日长了仍然没有饷银发下，这些投降的流寇缺衣少食之下一定会再次作乱。
这大明朝欠饷已经是常规操作了，从正统年间开始，边军欠饷已经成为了常态，欠饷数月数月、一年乃至几年的比比皆是，引发的闹饷、哗变、溃散乃至叛军的事件时有发生。
崇祯元年，直面东虏的辽东关宁军欠饷四个月发生兵变，兵变士兵冲进巡抚衙门，把辽东巡抚毕自肃、总兵朱梅劫持到宁远城中的制高点谯楼之上，亮出刀剑，逼着毕自肃等人发饷。这毕自肃还是当时户部尚书毕自严的弟弟，就这样其麾下的关宁军还能欠饷。索性当时东虏没有进攻，之后袁崇焕及时赶到补发了军饷，平息了兵变。
崇祯二年三月，蓟州又爆发了兵变，蓟州镇官兵本已经欠饷八个月，顺天巡抚王应豸还要响应皇帝裁减军费的主张，逼迫官兵捐献军饷，从而激起大规模的兵变，王巡抚一边筹集军饷分发，一边调集军队镇压，死伤惨重之下才平息了兵变。而当年十月，东虏就是从蓟州边墙突破进入京畿，酿成了乙巳之变。
崇祯四年，孔有德率领的三千东江辽军平日里本就欠饷，又被朝廷征发到辽东救援大凌河，行至吴桥，因为士卒冻饿交加投了当地士绅一只鸡被处以军法，从而引发兵变，辽军返师进攻登莱，挟裹孙元化以西法练出的火器部队一起作乱，乱军席卷整个山东，朝廷被迫从各地抽调援军平叛，接过反而节节败退，无奈之下又从辽东抽调精锐关宁军入关平叛，一直持续到崇祯六年叛乱才告平息，乱军也没有被完全消灭，孔有德、耿仲明率军出海北上辽东投降了东虏，被封为王。从此东虏有了比大明更精锐的火器部队。
这仅仅只是崇祯年间几起最大的欠饷引发兵变，其他小规模的更是数不胜数，就连流寇蜂起肆虐，其中边军欠饷也有很大一部分原因。说是农民军，当真是农民吗？农民懂得怎样攻城略地？农民懂得行军打仗？不是的，流寇虽然大部分是挟裹的农民，但是核心武力仍然是欠饷兵变的边军。张献忠、李自成等领袖全都是边军出身。
哎，这么多年仍然是记吃不记打，还是在欠饷，真不知道这大明朝收那么多的税都用到哪儿去了？
无奈之下，刘重元只好在写奏疏，讲明当下中原官军欠饷情况，以及近十万投降流寇无一分饷银的危险，一旦因为闹饷再次叛乱则前功尽弃矣。
刘重元建议，在保障正规官军饷银的基础上，也要按比例拨付一部分饷银给投降的流寇，拨付的原则是对朝廷越恭谨拨付比例越高，例如刘国能、刘士杰所部，朝廷命其解散老弱归田务农其立即裁军只剩下数千人，朝廷令其率军进攻其他流寇其也拼命作战，这说明刘国能和李万庆已经幡然悔悟改过从新，朝廷应当大加鼓励诚心接纳以为其他流寇的榜样，所以一方面加官进爵，一方面也要为其供应粮草，比例逐渐身高直至完全按照官军标准。
而像张献忠这样投降之后仍然心怀异志，拥兵数万既不裁撤也不接受朝廷诏令的，当然不能拨付军饷，不仅不能拨付军饷，还要想办法阻止其获得军饷，以软刀子逼迫其裁军。
刘重元还请求朝廷，若果是国事艰难筹饷困难，请求朝廷允许自己想办法筹集军饷。具体办法如：”在汉水、长江等商路上设卡收取一些商税；组织流民屯田、开荒、开矿、做工去赚钱；发卖空置官营田亩、矿山等产业的租赁权等等等等。虽然可能赚取不多，但也算是聊胜于无；虽然于祖宗家法等不合，但是当下军情要紧，事且从权，待海内太平定当废除。
刘重元自陈自己在军事方面尚有些认识，于会记、经济一无所知，为了保障粮饷后勤源源不绝，不延误国家的剿贼大计，他还提议设立巡抚山东、江北、河南、湖广和四川五省粮饷一职，专司负责剿贼大军的粮饷、军械补给，并保举翰林院侍读蒋德璟出任长史，称赞蒋德璟学识渊博、实心任事，才干百倍于自己，有他督理粮饷，定可保剿匪大军足食足饷。