成吉思汗进入深深的苦恼当中。他不想功亏一篑，不想白白放弃。攻到这里包围中都已很不容易。眼看大功就告成，金国的根基已经撼动，金国就要覆灭，而这时却要忍痛割爱。
但是，想攻取北京，要往前推进，更不容易。
最后，成吉思汗终因在金国都城面前无能为力，决定退兵。临撤退前，成吉思汗分遣诸将攻掠中都周围旳州、县，掠得大批人畜，马匹和财物后，才还军漠北。
成吉思汗的第一次攻金，就这样以惜败为终。
其实，成吉思汗的第一次攻金，主要以劫掠物资，而且提升军队的战斗力为主，不是获取土地和人口为目的。
这时候，金国的领导层发生了很大的变化。兵败只身回中都的胡沙虎，怕金国皇帝追究他的责任，先下手为强，自通玄门带兵来到皇宫，把金国皇帝永济一把杀死。胡沙虎又杀死几个诤言相争的忠臣，索性擅自又立一个新皇帝宣宗完颜珣。
随即，金朝政权又发生一次政变：右监军术虎高琪在北京城北抗御蒙古军屡屡失败，他惧怕胡沙虎怪罪，也发动了政变。他率部进城，执杀了胡沙虎，
然后向金宣宗请罪。
在蒙古军兵临城下的危急时刻，金宣宗只得赦免术虎高琪之罪，任其为左副元帅。
但是，金军痛定不思痛，又在故伎重演：蒙古军退走后，金国迅速回守金长城，又在恢复失地，又在加强京师的战备。
1212年秋，成吉思汗再一次率军南下攻金，进行第二次南征。其实，在回草原的这些日子里，成吉思汗认真研究了战略战术，调整了军事策略。
成吉思汗决定还是兵分两路。以避开中都而攻两翼，以分散金军的力量。大将者别率领东路军，以降蒙古军的移剌捏儿为向导，向东攻取东京（今辽阳）。西路军由成吉思汗亲自率领，攻打西京（大同）。
者别不愧是成吉思汗独当一面的大将。他率领一支五万人的部队，去奔袭辽东。成吉思汗攻取东京，还有一层考虑。因为这个东京是金国的发祥地之一，攻下东京，就使得金国心生根基尽失之感，心生畏惧之感。但是，现在作为金国大后方的东京，它的城防十分坚固。
者别首次攻城，竟然以失败而告终。听说士兵们抓到从中都去东京的传诏使，者别计上心来，遂想到一个智取东京的办法。
他告诫攻城的士兵退居500里，使东京城守军以为蒙古军已经撤退，不再来攻，以此来迷惑金兵。他还让士兵们换上金兵的服装，乔装金使。
东京守军开门迎使者入城。者别率精骑跟在后面，一举突入城中。大队人马跟在后面。
进城的人马马上与守城的人马发生激战。最终俘虏金军10万人。缴获大量的武器和资材。者别最后劫掠月余，然后才按原路返回。
者别的东路军顺利得手。
西路军是成吉思汗亲自率领的。西路军越过阴山，直趋西京。成吉思汗知道，西京是金国的战略要地，西京一吃紧，金国肯定派兵增援。
成吉思汗遂决定用围城打援的战术，他命一部兵力包围并攻打西京。其他兵力埋伏于西京东北方向的秘谷山口。成吉思汗的围城部队打响后，金军元帅奥屯香率部救援西京。
奥屯香把成吉思汗看得太低了，这个奥屯香这次总算领教了。
奥屯香还在带着队伍大摇大摆地进入秘谷山口，成吉思汗的伏兵四起，除奥屯香只身逃走外，其他人都被歼。逃回中都的奥屯香，被罢职除名，落个很可悲的下场。
成吉思汗得胜凯旋，让主力部队参加攻城。于是，攻城与守城，茅和盾，双方你来我往，战斗异常激烈。攻城性起的成吉思汗，竟亲至城下督战，不幸被流矢击中，遂下令撤围。
成吉思汗的第二次攻金战斗，就这样因成吉思汗受伤而草草收场。