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鼠疫最常见的类型包括轻型鼠疫、腺鼠疫、肺鼠疫和败血症型鼠疫，后两种都是十分凶险的类型。目前多数观点认为，欧洲的黑死病大流行和清末民初的中国鼠疫大流行就以这两种为主。
由于中国史籍上对传染病的记载十分笼统，仅仅冠之以“瘟疫”、“大疫”，对具体的病程、症状记载甚少，因而让不少人产生了中国古代没有烈性传染病的印象。就是元老院里，也有不少元老也认为“肮脏的欧洲人才会得鼠疫”或者“中国人极少得传染病”。
卫生口当然不相信这种“人种/文明优越论”：既然是人，都会受到疾病的侵袭。关于鼠疫和霍乱这两个旧时空的甲级传染病，他们是做过专门的调研，翻阅了大量的史料和研究资料。大致确定17世纪在中国尚未有“真正的”霍乱，即古典霍乱的传播――这种病在19世纪以前是印度和孟加拉的地方病，一直到19世纪初才由英国商人传入广州的。传统中医学中提及的“霍乱”多为各种肠胃传染病的统称。
至于鼠疫，明末也曾经有鼠疫的大爆发。不过，研究认为这场鼠疫仅限于北方，尤其是在山西、河北一带，在南方，两广一带，并未发生过鼠疫传染病。
为什么现在突然有了呢？刘三和林默天都陷入了沉思。D日以来，他们的施政多多少少都依赖于大图书馆提供的历史资料作为参考――也的确起了很大的作用。然而，眼下的局面却说明元老院这只蝴蝶，掀起的风暴越来越猛烈，历史已经开始渐渐脱离大图书馆的预测了。
“我看，问题很有可能出现在皮革贸易上。”刘三说。
广东攻略开始前，为了军需之用，外贸部门集中大规模购买了一大批粗皮，主要满足制作皮鞋、皮带、头盔悬挂等军需之用，另外，也给派往北方的部队和航海人员制作了皮帽、皮背心、皮袄之类的御寒服装。
这些采购大多是通过代理商进行的，极大地刺激了相关的贸易。然而粗皮价格低廉，海南岛除了元老院的军用和工业用之外之外民间需求极为有限。
原本明代并不太看重服用皮草，著名的严嵩的抄家清单《天水冰山录》里，皮货寥寥无几。但这并不代表没有这样的需求。后金与明的走私贸易中，出口的最大宗货物是人参，其次便是皮毛了。由于小冰河期偏低的气温和紫明楼引领的时尚潮流，以貂皮、水獭等贵重皮草开始在广东富户中成为一种时髦的选择。。
而外贸公司为了“出口创汇”将将现代鞣革法加工过后的貂皮等高级毛皮向荷兰人和英国人销售后，广州的皮毛出口贸易兴旺起来。巨大的利润吸引了许多商贩参与到皮毛贸易里来。
尽管元老院与清的贸易中是严格限制貂、水獭、旱獭等鼬科野兽毛皮的输入：不但输入数量有限制而且都需要经过的检疫――怕的就是鼠疫传播。但是以广州当前的局面，根本做不到对全部流入商品进行严格的卫生检疫。皮草的高利润又使得商人们铤而走险的进入辽东贸易，很多未经检疫的毛皮直接或间接进入了广州的市场。
熙攘拥挤的流动人口，粗陋糟糕的住建条件，尚且落后的卫生意识，薄弱的基层组织……广州的公共卫生系统以现代人的视角来看简直漏的像筛子一样，一场没有发生于旧位面的鼠疫疫情正趁机悄悄地在广东攻城略地。
“皮毛只是一个原因，如果是皮毛，发病就应该从相关从业人员中开始。”林默天表示异议，“第一个发病者不应该是乞丐。他是跳蚤传染的受害者，毕竟这个群体中有跳蚤寄生是一种常态。”
“这事情可就复杂了。”刘三有些烦躁不安，
林默天说：“我们要立刻采取措施。”
广州目前出现的腺鼠疫相对来说传染性还没有那么强，但是如果不加干预，腺鼠疫是可以转化为肺鼠疫和败血症鼠疫的。如果肺鼠疫和败血症型鼠疫爆发，后果不堪设想。所以刘三很认同林默天的说法，谁也不知道什么时候就会爆发真正的大型疫情。
据说李自成会那么快的败亡，和进入北京的时候军队感染了鼠疫有莫大关系。如果他们不能很快的阻止疫情，他们很可能就会步李自成的后尘，在疾病的侵袭下不得不狼狈退出广州，回海南岛去继续蛰伏――要是更不走运些，鼠疫在海南岛爆发，那么他们的一切理想和野心，纵然不至于毁灭也得推迟许多年才能实现。