当下刘贤命庞统放出风去，说朝廷意欲对三公九卿制进行改革，公卿的职能将会有大的变动，天下官员将以九品分级，而一、二品的公卿大员在改动之后其数量将会大大增加。
众臣闻知消息，顿时纷纷打探消息，得知了粗略的情况之后，都认为改革应该不会对自己的官位和权力造成太大影响，当下议论纷纷了一阵之后，顿时都接受了官制改革的结果。
刘贤见风声吹得差不多了，当下召集在洛阳的千石以上官员先开了一次大朝会，将自己与庞统、黄权等人反复商议过的官制下发给了百官，让众官讨论。庞统亲自充当解说，接受百官的质询。九品十八级的官阶制度比之以前用俸禄多少来评定官员等级的办法清晰明了了许多，百官对此都无疑虑，因此很快通过。
但三公九卿制改为三院十二部的事却遭到了许多质疑，不少大臣都认为这所谓改革仅只是换了个名称而已，反倒使得官吏百姓听不惯新的官名，弄不懂新衙署的职能，将会因此而变得无所适从。
同时一部分毕生钻研经学的大臣也对政务院中设立如此之多的部门感到愤怒，部门增多，且其中许多机构的设置很明显都是给其他诸子百家的子弟准备的，若是官制因此而实行的话，经学子弟在朝廷中所占的比重将会大大下降，经学显赫了三四百年的地位将会被彻底推翻，沦落到与其他百家再次竞争的地步。
当日朝会争议极大，便以刘贤和庞统的威望都不能将之完全压下去，争论了一天还是没有结果，刘贤只得下令休会，明日继续商议。
当夜百官散去，为了各自的诉求开始相互串联，许多书信从洛阳城中连夜送出，发往中原各州。
散居在各州郡中的大儒们顿时开始纷纷发声，抨击朝廷轻视圣人之学，而重视其他无用之杂学，有激进者更是指斥刘贤乃是有汉以来最大的暴虐之君。
部分大儒开始自发往洛阳进发。
刘贤在宫中闻听洛阳城中的异动，得知许多信使连夜出城，当下皱了皱眉头，叹道：“朕原本是可以不经过廷议，直接下发官制改革诏令的，只不过是想着要让百官感受一下集体讨论这种制度的好处，因此才在颁行诏令之前，先发下去让他们讨论一下。如今看来，是朕对他们太纵容了。行政官员本来就只需遵照制度行事就好，给他们议政的权利反倒是滥权了。”
当下刘贤招来庞统、黄权，三人密议了一阵，随后连续下发诏书给镇守在各州郡的各军将领，叫小心稳固地方，监察舆论，但暂时不要动作，等到对方按捺不住，除了言语之外还有了实际性的煽动破坏举动，到时再一举抓获，予以定罪。
此后十数日，刘贤每日便静静地坐着听殿内百官争吵辩论，经学门人要努力维护自家的地位，但刚刚崛起的其余百家也不敢示弱，誓要扞卫自己的权利。
刘贤毕竟是马上夺天下的皇帝，在这个文武不分家，讲究出将入相的时代之中，朝中百官多有军队背景。许多官吏本就是新打下一个地盘之后，临时从军中抽调军吏担任，从此军转政，然后逐步升迁起来的，因此朝中军队派系的占了极大一部分，经学门人们也不是傻子，不会对这股最大的势力发出挑战，因此对设立枢密院、兵部等涉及军队的事务一概赞成，以此换得了军方的沉默。
然后经学门人们集火攻击工商部和交通运输部这两个部门，认为都是低贱之业，不该给予太高的地位。这两个部门乃是墨家、杨朱等学派聚集的部门，一向与儒学乃是死对头，而且这两家身份低贱的观念经过数百年的不断灌输，已经深入人心，经学门人们针对起来天生便有心里优势。再加上两家毕竟才刚刚恢复了些元气，人手和对各自学派理论的钻研程度都相对薄弱，在连日的朝会之中被经学门人针对，竟渐渐有力不能支之感。
这种情况一直持续道正旦朝会的时候，这些日子各地大儒们纷纷站出来发声讲学，有的言辞激进，极有煽动力，在天下部分地区造成了极坏的影响。
正旦之前，刘贤陆续收到各地驻军传来的消息，当下暗暗准备。等到朝会之时，刘贤道：“今日大朝，官职改革之时暂时放置在一边，我们先完成祭祀、岁赐等项目，改制之事，押后至上元节后再行定夺。在此之前，又敢妄议此事者，国法处置。”
刘贤的威望还是极大的，此言一出，再加上正旦朝会的确事务繁杂，于是众臣便也都暂时将此事搁置在一边。
当日朝会顺顺利利地完成，随后的一应岁末年初的仪轨庆典等也都进行的颇为安稳，表面上看起来一切似乎十分平静，然而在这平静之后，却酝酿着极大的风暴。
正月十三日，几名儒生在大街上辱骂进城的几名老工匠，而后发展成殴打，最终被洛阳县的差役捉拿。随后数百儒生直接围堵了县衙，威逼县令放人。
正月十四日，有激进的儒生指责洛阳县处事不公，遂敲响登闻鼓，并在官吏前来询问之时，递上血书之后一头撞死在了登闻鼓下。
一时间洛阳城中舆论汹汹。刘贤当即下令，叫洛阳县公审此案，刘贤则率领朝中百官前往观审。
同时又秘密下发诏令发往各州郡，火速逮捕那些有煽动性质言行的儒家门人。
当日公审，几名当事的儒生被从牢中带了出来，洛阳县令乃是刘贤身边的一名老掾属，名叫黄仇，当下开始询问案发原因，得知是儒生先辱骂工匠，双方继而发生殴斗。当下黄仇问儒生道：“你等为何无辜殴打入城工匠？”
几名儒生义正言辞地道：“百工贱业，按制不得冠冕，车马衣饰不得违制。可这几名工匠却头戴爵冠，乘坐三马之车，着锦配玉，此举实是藐视礼法。我等上前呵斥，有何不可？不料他们竟敢反驳，藐视我等。为维护礼法，我等这才教训他们。”