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在南北榜案的风波过去后不久，朱棣联合多位布政使，共同上书朝廷，表达了对北平地区官吏稀缺的关切。他们期望北方士子能够回到故土，为家乡贡献才智，并强调了对北方士子进行更多教育的必要性。朱元璋作为明朝的开国皇帝，对于平衡朝局有着深刻的考虑。因此，他采取了一种折中的策略：一部分北平士子被留下来，进入了中书省担任要职；而大部分士子则按照朱棣的提议，被派遣回到北方，以充实地方官府的力量。
在其他地区，朱元璋也采取了类似的措施。有的士子被外放至地方任职，有的则返回了原籍。只有少数才华横溢的士子被留在了中央，继续为国家效力。然而，翰林院这个曾经南方士子云集、朝廷要员辈出的地方，却鲜有北方士子的身影。这种现象反映了朝廷在南北士子分配上的微妙平衡和妥协，既照顾了南方士子的利益，又尽量满足了平衡朝中南北文官力量的愿望。
尽管这种安排在一定程度上缓解了南北士子之间的矛盾，但也暴露出明朝初期在选拔官员和平衡地区利益方面所面临的挑战。朝廷需要在维护国家统一和稳定的同时，妥善处理南北士子之间的关系，确保人才能够得到充分利用，为国家的繁荣和发展贡献力量。
在应对南北榜案的风波之后，朱元璋并没有停歇，他深知国家的统一大业尚未完成，北元仍然虎视眈眈。为了转移整个官僚体系的注意力，他决定发起新一轮对北元的讨伐，以此来凝聚人心，彰显大明的威武之势。
朱元璋果断下旨，命令久经沙场的徐达做好准备，率领燕王的护军参与此次讨伐。徐达作为明朝的开国元勋，威望极高，他的参与无疑为讨伐增添了极大的胜算。朱元璋将这一路军队视为主力，寄予厚望。
与此同时，另一路军队则由傅友德统帅，蓝玉担任副将。这两位将领都是明朝的杰出军事家，他们曾多次立下赫赫战功。此次，秦王和晋王也亲自参与，展现了皇室对这次讨伐的高度重视。
朱元璋的这一系列举措，不仅展现了他对国家的深沉忧虑和坚定决心，也反映出他对军事力量的巧妙运用和对朝局的精准把控。通过讨伐北元，他不仅能够转移官僚体系的注意力，还能进一步巩固明朝的统治，实现国家的完全统一。
朱棣在接到朱元璋的圣旨后，深知此次北征的重要性，立即着手进行准备工作。尽管他的部队人数仅有1800名战兵，远未达到朝廷所期望的规模，但朱棣对此并不以为意。兵部多次下达公文，催促他扩军以增强实力，否则将面临钱粮被扣除的惩罚。然而，朱棣对此置若罔闻，坚持认为部队的精锐程度远比数量重要。
朱棣解释称，北方地区人口稀少，征召到合适的兵源极为困难。因此，他决定加大训练的投入，通过提高士兵的战斗技能和素质来弥补人数的不足。他的这一观点得到了太子朱标的认同，朱标要求继续按照4千人的编制划拨钱粮给朱棣的部队。
兵部虽然对朱棣的扩军态度有所不满，但鉴于他的燕王身份和太子的批示，只能照做。同时，他们也认为朱棣不可能为了贪没军饷而故意不扩军，毕竟他最终是要上前线作战的。此外，兵部官员们心中都有一个默契：一个藩王手里掌控过多的军队并不是一件好事。尽管朱标对此不以为然，但文官们天生对藩镇的警惕性是存在的。
因此，尽管兵部在形式上催促朱棣扩军，但实际上并未采取过于强硬的措施。他们选择了妥协和默契，以保持朝廷与藩王之间的平衡。这一切都是为了维护国家的稳定和安全。
朱棣就这样利用4千人的钱粮加福记暗中的资助，训练这1800人的精锐部队，其它部队都做不到装备满编。他能够做到。朱棣的想法其实是想建立一支骑兵部队，所以一直不扩编就是等待此次战争过后和蒙古一些部落交易引进马匹。