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万历时期，诤谏之风进一步发展，消极因素增多，并由量变到质变，正义的外表下隐藏着各种争权夺利的算计。
时人对此己有明确的认识。礼部尚书的于慎行说：“近世士大夫以气节相高，不恤生死，往往视廷杖戍谴为登仙之路。一遭斥谪，意气扬扬，目上趾高，傲视一世，正所谓意气有加也”。这反映了诤谏的名节动机。人们看重名节胜过一切，把受廷杖、流放视为登仙之路。既使被罢免，也神气十足。大学士许国也愤慨地说：“迩来建言成风，可要名，可躐秩，又可掩过，故人竞趋之为捷径，此风既成，莫可救止。”这反映的是诤谏的功利动机。可获得清名，又可以升官，还可以诿过，一箭多雕。
对此万历也心知肚明，他斥责群臣只会拿小道消息对他吹毛求疵，“每每归过于上，市恩取誉。辄屡借风闻之语，讪上要直”，对于真正的问题却视而不见，“鬻货欺君，嗜利不轨，汝等何独无言，好生可恶”，并一语揭穿了他们的真实目的是“每每搜扬君过，沽名速迁为？”但言官们依然我行我素，万历也拿他们没有办法，面对言官群狼式的围攻，暴风雨式的批判漫骂，只好采取鸵鸟政策，对类似的奏折，他说“此不过欲沽名尔，若重处之，适以成其名”，于是“卷而封之”，这就是万历“不批”的由来。
万历所谓的“风闻之语”指得是立太子的问题。这是明代历史上继“大礼议”之争后又一个著名大论战，即“国本之争”。
明代皇位继承制度健全，像正德这样即无子嗣又无兄弟的情况都没有出现继位问题。万历朝怎么会出问题呢？据说是因为万历不喜欢他的长子朱常洛，而想立他所宠爱的郑贵妃之子朱常洵为太子。
万历不喜欢朱常洛母子，因为他们与一桩丑事联系在一起。万历九年（1581年）的一天，万历皇帝像以往一样来到了慈圣太后的住处慈宁宫准备向他的母后请安，不巧的是圣皇太后因事不在慈宁宫中。慈宁宫的一名年仅17岁宫女王氏向19岁的万历献茶，万历见这位宫女端庄秀美、姿色宜人一时冲动宠幸了她。明朝崇尚儒家道德思想，讲究礼义廉耻。此事时间、地点、人物、事件等方面完全不符合儒家伦理道德，对于饱读圣贤之书的万历来说，这无疑是一件失礼且令人感到羞愧的事，在他内心肯定不想让人知道这件事。没想到王氏十分不给面子，竟然朱胎暗结，怀了龙种，将皇帝这点隐私暴露在大庭广众之下，令他十分难堪。
万历的生母慈圣皇太后一直期待着皇长孙的诞生，对于这次兔子吃窝边草的事件不仅不见怪，还十分欣喜，1582年6月，她要求万历承认此事，并封宫女王氏为恭妃，万历本想抵赖，于是太后拿出了太监所记内起居注，他只好承认。同年8月，被册封升级的王恭妃不负众望的产下了一个男婴，万历却一点也高兴不起来。
相比之下，朱常洵的诞生则是真正爱情的结晶。公元1582年3月年仅14岁郑氏被选入宫被册封为淑嫔，在以后的两年里郑氏依靠她的美貌、聪明和丰富的文学、诗词的各方面的良好修养征服了皇帝，不久就被封为德妃，万历与郑氏的感情是真正的爱情。万历十四年（1586年）郑氏为万历皇帝产下了他们的爱子朱常洵，万历大喜过望，打算晋封郑德妃为地位仅次于皇后的皇贵妃，而对于先前已为万历产下长子的恭妃王氏却没有得到这样的待遇。
按说皇上晋封妃子和立太子没有什么关系，皇上喜欢哪个老婆纯属私事。但此时宫中盛传万历欲立与郑贵妃之子朱常洵为太子，并写有信物交郑贵妃保存。
按照明代“立嫡、无嫡立长、兄终弟极”的继位制度。朱常洵是没有机会超过他的哥哥朱常洛的，然而，一旦皇后去世，郑贵妃可以升为皇后，这样按照有嫡立嫡的法则，就可以名正言顺地立朱常洵为太子。
国嘴们相信万历晋封郑德妃是为朱常洵接班辅路搭桥。于是纷纷上疏指责皇帝专宠郑贵妃，要求按照理论和习惯应当先晋封产下皇长子朱常洛的生母恭妃王氏为皇贵妃，也有人直接要求“册立东宫”。对于言官的指责，万历十分生气，他说册封贵妃与立储没有关系，大臣不该把这两件事联系起来指责他（册封贵妃，初非为东宫起见，科臣奈何讪朕）。
当时朱常洵才四岁，皇后还年轻，还有生子的可能，万历认为“元子婴弱，少俟二、三年举行。”并非毫无道理。
东林党在万历末期式微后，暗中结交太子朱常洛，把希望寄托在太子身上，万历四十八年七月二十一日，万历驾崩，改朝换代给东林党带来了新的希望。
在万历病重期间，东林党人给事中杨涟，御史左光斗担心皇位继承出问题，比太子还心急，多次催促首辅方从哲入宫打听消息，甚至要求方从哲夜宿内阁以防变故。
过了两天，方从哲带廷臣到皇宫问候，此时万历病情危重，太子在宫门外俳佪，没有被召见。杨涟、左光斗见此情景，担心有变，派人传话给太子的亲信太监王安，争取让太子进宫侍候皇上，以防不测。太子见杨涟等人如此维护自己，非常感动。不久，万历去世，遗诏宣布传位太子朱常洛。
八月一日，太子朱常洛正式即位。朱常洛继位后，重用东林党人，东林党似乎又要东山再起。然而好景不长，朱常洛刚登上皇位就一病不起，一个月后去世。
朱常洛这个倒楣孩子，从小就不被父亲待见，被大臣用口水托上了太子的位置上，父亲偏偏又是明代在位最长的皇上，长期生活在父亲的阴影里。好不容易熬出了头，皇帝的宝座还没坐热就一命呜呼了。
他的死因，主要是因为当上皇帝以后腐化堕落得太快，他虽然贵为太子，衣食无忧，但是在万历的眼皮底下，必定受到很多约束，难得自由。当上皇帝以后，就无所顾忌，压抑多年的欲望得到释放，贪恋女色，纵欲过度，身体很快就搞垮了。
对于朱常洛之死，最遗憾是福王朱常洵。他一定在心里想，早不死晚不死，当了一个月皇帝死了，要是早死一个月，皇位就是我的了。
比福王更遗憾的是李才人，如果常洛不死，自己肯定能当上皇贵妃，甚至皇后的位置也指日可待。
比李才人更遗憾的是东林党人，辛苦经营了这么多年，终于翻身了，本想拥抱太阳，却迎来了流星。
叹息之余，东林党人对新皇帝寄予厚望，积极运作新皇帝继位。不过他们此时还不知道，这位新皇帝将把他们淹没在血泊中。
这位新皇帝叫朱由校，他是光宗朱常洛的长子。
光宗临死之前两次召开专门会议，交待后事。他指定由朱由校继位，并封他所宠爱的李选侍为皇贵妃。
由于光宗后郭氏和朱由校的生母王氏己经去世，光宗最宠爱的李选侍是事实上的第一夫人，她是光宗在这个世界上最信任的女人，因此朱由校一直由她负责抚养，此次封她为皇贵妃，实际上是让她帮衬年轻的朱由校，以达到制衡朝臣的目的。
李选侍原本想当皇后，对封皇贵妃很不满，不料光宗死得太快，连皇贵妃的册封也没有来得及进行，李选侍心有不甘，企图“携皇长子自重”。
而东林党人也正计划“携天子以令诸侯”。光宗尸骨未寒，东林党人和李选侍争夺朱由校的战斗就打响了。
东林党人以快打慢。九月一日，就在光宗驾崩当天，杨涟等人强行闯入乾清宫，在光宗的遗体面前行过礼后，要求见朱由校。此时李选侍将朱由校藏在乾清宫暖阁，光宗亲信太监、与东林党交好的王安出面将朱由校骗出暖阁，杨涟等人一见朱由校，立刻拉着往外跑，李选侍派太监去抢回，被杨涟等斥退。
杨涟等人将朱由校带到文华殿，举行了册立太子典礼（此前朱由校还没来得及被册立为太子）。礼毕，李选侍派人来请太子回乾清宫，阁臣刘一燝劝说朱由校住在慈庆宫，不要回乾清宫。朱由校听从了刘一燝的意见，前往慈庆宫，众人议定九月六日正式即皇帝位。
周嘉谟对朱由校说，殿下是社稷神人托重之身，不要随便活动，更不要独自去乾清宫哭丧，要去的话也要等大臣们到了再一起去。杨涟一再嘱咐太监王安要保护好未来的皇上。王安等表示一定照办。
朱由校虽然脱离了李选侍，可是乾清宫是皇上居住的地方，要当皇帝就必须回乾清宫。东林党人必须再下一城，将李选侍赶出乾清宫。
第二天，东林党人左光斗、周嘉谟上疏要求李选侍搬出乾清宫。左光斗的奏疏写得很难听，他说，乾清宫是皇帝和皇后居住的地方。选侍即不是嫡母又不是生母，没有资格居住在乾清宫，不要借抚养之名，干预朝政，使武后之祸，再现于今，如果那样的话，将来后果会非常悲惨。
左光斗将李选侍比作武则天，有两层含义。一是武则天篡位；二是武则天**。武则天本是唐太宗的宫人，太宗死后却成了其儿子高宗的皇后，左光斗以此影射李选侍与朱由校同住乾清宫可能会**。
李选侍看后非常生气，几次派人传诏左光斗，左光斗却不听命，他说，我是朝庭命官，天子才有权利召见我，你有什么权利召见我。
李选侍更怒，派人请朱由校来乾清宫商议对策。当时朱由校己经十六岁了，基本成年，他需要独立，不希望李选侍管着自己。更重要的是，李选侍曾欺凌过朱由校的生母王氏，至使王氏于万历四十七年含愤死去。因此他站在大臣一边，不肯去乾清宫，反而要求李选侍择日搬家。
朱常洛在临死之前，担心朱由校驾驭不了局面，有抬高李选侍，让她抚养并辅助朱由校处理政务的嘱咐。但同时他又担心李选侍专权而没有给予她皇后的名份。这样就留下了大片的模糊地带。李选侍名不正言不顺，势单力薄，一旦臣下抗命，将很难应付，而她手中唯一的“王牌”朱由校又嫌她多余，不与她一世。她除了接受现实，别无选择。九月五日，李选侍被迫搬出乾清宫，住进了宫女养老所居住的鸾宫。九月六日，朱由校正式即位。
东林党人在两代帝王即位过程中的突出表现，得到了天启的赏识，左光斗、刘一燝、周嘉谟等人受到重用，杨涟因在移宫案中表现过于抢眼，其动机和目的遭人质疑，被弹劾下台，但没过多久又重新启用。
一批被万历处理过的东林党人如邹元标、赵南星、高攀龙、王之寀、乔允升、叶向高等也纷纷还朝，担任要职。顾宪成己于万历四十三年死去，不然也应重列朝堂。天启初年，东林党人布列满朝，分据内阁、吏部、都察院及六科、十三道各部门，一时势力大炽。
东林党当权以后，对非东林党人进行了报复，以梃击、红丸、移宫三案（详细内容见后）为议题，排挤驱逐非东林党人。
非东林党人也不是省油的灯，他们纷纷投靠天启的亲信太监魏忠贤，结成所谓阉党与东林党对抗，很快扭转了被动挨打的局面。东林党人又把矛头指向魏忠贤，魏忠贤得到天启的支持，形势急转直下，东林党最终被打入深渊。
魏忠贤，河北肃宁县人，原名李进忠，本己娶妻生子，万历十七年（1589年），因欠赌资被人追债，不得己将老婆改嫁他人，自行阉割当了太监。魏忠贤目不识丁，但为人机灵，有谋略。他判断皇长孙朱由校迟早会即位，于是竭尽全力接想近这位未来的皇位继承人。
朱由校的奶妈客氏，18岁入宫，第二年丈夫去世，成了寡妇，后来她耐不住寂寞和太监魏朝搞得火热。魏忠贤通过巴结魏朝，结识了客氏，并由她引荐当上了朱由校的母亲王才人的典膳，进入了朱由校的生活圈子。
没想到魏忠贤这小子不厚道，不久就过河拆桥，当起了第三者，与魏朝争起了客氏。由于魏忠贤属于成人后才去势，娶过妻生过子，比起从小就阉割的一般太监更象个男人，凭着这个生理优势，魏忠贤赢得了客氏的欢心，战胜了魏朝。
朱由校从小由客氏带大，因此对她感情极深，长大以后也离不开她。所以，当上皇帝后不到一个月就封客氏为“奉圣夫人”，在事实上取代了李选侍在后宫的位置。在客氏的帮助下，魏忠贤也从惜薪司太监的岗位上被提拔为司礼监秉笔太监。
魏朝看到朱由校继位后客氏奇货可居，就想重新夺回客氏。一天晚上，两人酒后争抢客氏，叫骂声被天启听见。天启知道客氏心向魏忠贤，就责备了魏朝。不久魏朝被发往凤阳，魏忠贤派人将其缢杀。
王安是光宗的亲信太监，天启继位时也出过力，深得天启信任。随着客、魏地位的上升，与王安形成了竞争，双方矛盾尖锐。
从某种角度上说，太监也是臣，是内臣。宫中太监对权力的争夺，比朝臣还要激烈。由于明代外廷大员常与宫中太监勾结，互相影响，朝中宫内各种矛盾交织在一起，十分复杂。
天启元年四月，天启帝大婚。东林党人、阁臣刘一燝上言“请”客氏出皇宫，未果。此事很难说没有王安的影子，从此，东林党与魏忠贤结下了梁子。