我听了此语，面对这一场浩劫，也知自己无可作为，过来便是给他添麻烦，轻抚他手，说道：“好在，这一切都过去了，老师若见你后来行事，在天之灵也会欣慰的。”
的确，当时汤若望年迈体衰，语言不清，每当受审时，都是怀仁陪他出庭，代他申辩。在监狱中，怀仁对老师也是关怀照顾备至，甚至放弃了自己可以出狱的机会，直到为他办理后事。
康熙帝亲政后，为汤若望案平反带来曙光，怀仁得到皇帝的信任，不失时机而又审慎地请求康熙让流放在广州的传教士们回归内地，同时，追究杨光先等僭越大权、假公济私诬陷、禁止宣扬天主教并驱逐传教士等问题。经王公大臣会同审议后，终于皇谕公布：天主教义教规曾被不公正地查禁，今查明并无违反国家利益庶民职守之道。为此，凡被逐教士可回原堂从事本职。1671年，再下谕旨为汤若望公开平反昭雪，恢复时宪历，恢复原赐荣衔，又拨巨款为其修建坟墓，御赐祭文一篇。
此过程中，怀仁的天文历算知识对冤案的平反，起了重要的作用，同时也取得皇帝信任，确立了自己在天文历算方面的威望。
正是：
虎踞龙盘今胜昔，
天翻地覆慨而慷。
天若有情天亦老，
人间正道是沧桑。