郑克臧见城墙缺口己经占领，立刻下令，后续部队马上跟进，杀入马尼拉城中，今天一定要占领马尼拉城。
随后，近卫军和左右武卫镇的后续部队以迅雷不及掩耳之势杀入城内，战场的局面己不可逆转了。
虽然这时马尼拉城里的守军人数不少，但真正有战斗力的，只是四千多西班牙士兵。
但在这种狭窄的城市中作战，西班牙士兵无论是经验还是武器，和近卫军相比，都还有相当一段距离。
因此双方在巷子中交战，西班牙士兵非常不适应近卫军的这种刺刀加手雷的战术，完全抵挡不住近卫军的进攻，被杀得节节退后。
唯一可取的是，他们的火力还不错，给郑克臧的部队造成了不少麻烦。
最后维洛萨在其他士兵的搀扶下，指挥着身边的几十名士兵，抬起还昏迷不醒的神父，向马尼拉城深处败退下去。
而近卫军也迅速在马尼拉城里展开队伍宽度，一面追击西班牙士兵，一面逐步逐步占领马尼拉城。
刘国轩的左右武卫镇则专门对付马尼拉的土着士兵。
这些土着兵毫无战斗力，杀得刘国轩痛快至极。
比大清的绿营兵好对付多了。
这时整个马尼拉城里己是一遍大乱，到处都是枪声、爆炸声，西班牙士兵，土着兵、马尼拉城里的居民都像没头的苍蝇一样，在城里四处乱跑。
因为谁也没有想到，固若金汤的马尼拉城竟然只用了不到一天的时间，就被郑克臧给攻破了。
因此谁都没有做好逃跑撤离的准备，而现在明郑部队攻入马尼拉城之后，这才都慌了神。
有些人赶忙七手八脚的收拾东西，也有人干脆什么都不拿，冲出了家门，想尽办法逃跑，结果互相推挤践踏，还有一些人被误杀。
当然也有少数人趁火打劫，闷声发财。
马尼拉的城市规模本来就不大，不一会儿维洛萨就带人退到城市中心的十字路处，吕宋总督府和奥古斯丁大教堂在这里各占一个尖角。
这时在少校维洛萨身边聚集了两百多名西班牙士兵，朝着总督府前进，想赶紧带上总督胡安·德瓦尔加斯·胡尔塔多逃命。
就在这时，从斜刺里忽然杀出一支近卫军小队，一下子将他们的队伍给冲乱了，少校维洛萨眼见杀不出去，便退进了总督府里拒守。
但这时郑克臧的部队己经基本控制住马尼拉城，于是将总督府给团团围住。
“总督先生，败了，败得太快了！我们已经被包围了。”这是维洛萨见到总督胡安的第一句话。
这场战役败得太快，以至于总督还没来得及坐船跑路，就已经结束了。
虽然他坐船也跑不出去，因为此时的马尼拉湾已经被朱天贵的200多艘战舰层层包围。
“准备投降吧，少校。”总督胡安没有任何犹豫，他知道现在大势已去，此时唯一活命的方法就只由举手投降。
好在他不是当年那个造下明人血债的总督，应该能保住自己的性命吧？
其实他心里也没底，因为一旦投降，自己的性命就掌握在敌人手里了。
太阳升起来了，伴着零零星星的枪声跳出了地平线，那万道霞光透过云隙照在充满硝烟的马尼拉城上。
这时，马尼拉城里的战斗基本结束，只有零零星星的枪声，近卫军己经完全控制了马尼拉城，郑克臧接到消息之后，才带领着众人进驻马尼拉城。
这座象征着西班牙无敌舰队殖民荣光的城市，也正式迎来了他的新主人。