而从铁门关往南二百里就是尉犁，沿着塔克拉玛干沙漠南沿往西是若羌、且末、策勒、民丰、于阗、皮山、叶城，从叶城往北二百多里也是叶尔羌部王廷--莎车，整个丝绸之路南线的两条线路东西长二千多里，南北宽六百多里，北面的支线沿天山往西，南面的支线沿昆仑山往西，最终汇合于莎车，而与莎车隔着帕米尔高原相望的是哈萨克汗国的吉尔吉斯部、土库曼斯坦部、塔吉克斯坦部。而南北两线中间正是死亡之海--塔克拉玛干沙漠。
与于阗、叶城隔着昆仑山相望的是坎大哈平原河谷，再往南面海岸可以与果阿根据地连接上了。华夏的战略就是从西北面封死印度莫卧儿帝国的通道，今后如果南下，东面可以夹击印度，西面可以威慑波斯，既可以让印度丧失所有的出海口，又可以给继续西进提供一个稳固的前进基地。
1638年六月二十二日，在初步稳定了鄯善、吐鲁番、焉耆地区后，人民军骑兵部队兵分两路，分别从青海湖日月山口、铁门关向西域南部盆地的南、北两线向西急进。
南路骑兵集群后荒漠部队于六月二十九日攻占尉犁，然后向南进攻，七月八日攻占若羌，七月十五日攻占且末，修整到八月二日后再次西进，一路攻占策勒、民丰、于阗，至九月底于北路军一起合围了莎车城，南北两线的叶尔羌部骑兵和部族骑兵二十万被大部分消灭，俘虏了五万多人，莎车城的守军不足二万，穷兵黩武的阿里汗终于尝到了自己酿的苦酒，十月二日，阿里汗被当地部族首领毒死，莎车当地部族首领开城投降。
北路的进攻相比于南路有一些难度，因为叶尔羌汗国的主力都集中在北线，在轮台、姑墨进行了两次大规模的骑兵汇战，人民军分别歼灭了八万和五万叶尔羌汗国主力骑兵，七月底之前就在姑墨休整，一直等到后续部队和工作团进入姑墨，才于八月初十出发继续西进，攻占了巴楚、疏勒，九月底于南路军会师莎车。
十月十日后续部队进入莎车换防骑兵部队，首批工作团也抵达莎车，叶尔羌汗国除！
人民军骑兵部队继续清剿残兵，后续跟进的边防部队进驻了天山中西部的要道隘口和昆仑山通往南亚的达坂要隘，而通往西北面哈萨克汗国的道路、隘口也相继被占领，边防部队开始就地驻防。
从七月份开始华夏的大批工作团、驼队、自主移民团纷纷通过南北两线进入西域南部，同时还有华夏石油探矿队、金属探矿队、煤矿勘探队也纷纷进入，华记的第一批产业布局人员也进入南部地区，考察道路、水源、生态、粮食生产和特色产业，规划下一步的产业建设。
而王夫之的思想改造工作团也从哈密一批批出发，前往刚刚收复的西域南部地区，成员主要是哈密的汉民和当地各部族思想改造积极分子，经过了哈密的试点改造工作，二万多经过思想培训的工作团分散到了西域南部各地，在人民军的配合下，开始对叶尔羌汗国整个进行社会制度改造，思想改造、汉语普及、平均地权、恢复公平正义的基层组织建设和制度改造，这是一个相对来说时间比较长的变革过程，不是一朝一夕能完成的。
华夏收复的西域南部面积约有八十万平方公里，相当于中原七八个省的面积，人口只有二三百万，有大片的绿洲、草场、雪山、戈壁，还有广袤无垠的大沙漠，适合于人生活的地区开发不足，叶尔羌汗国原本是半耕半牧，而沿和田河、叶尔羌河、喀什河、姑墨河两岸有大片的土地适宜耕种，粮食生产严重不足，叶尔羌部贵族残酷压榨也让普通的部族百姓生活非常悲惨，加上连年战争，和准噶尔部争夺西域的控制权，人口锐减，生产力低下，农具甚至以木制为主，是一个资源丰富但是极度需要发展生产的地区。