唯一和其他人抱不成团的关外张作霖也被张汉卿一番表演成功地“洗白”，以及各方政治派系都来求情，最后不能惩罚包括杨度在内的这些人，等于这事就不了了之了。黎元洪这才认识到，想跟当时各种复杂的政治派系打交道太难了，他手里没兵权，所以没有实权。
实权在谁手里呢？在国务院总理段祺瑞手里。段祺瑞把黎元洪请出来就是让他当傀儡的，黎元洪不甘心当傀儡，你想想两人能不闹矛盾吗？所以闹出很多有趣的事来。
先是在国务院秘书长人选问题上，黎元洪和段祺瑞发生了争执，因为段祺瑞力主要选徐树铮担任。
按理说，国务院秘书长和总理交集最大，所以段祺瑞即使选择亲信徐树铮也没什么。但是徐树铮是个恃才傲物的人物，他奔走于府院之间，处处越俎代庖，以前就为袁世凯所厌恶。不过不管黎元洪怎么不满，徐树铮多么跋扈，段祺瑞就是喜欢并始终信任他，这也是民国官场的异数。
被逼着继总统的黎元洪听说仍任徐树铮为国务院秘书长，马上就表示：“我怕这个人，总统可以不干，但绝不与人共事！”他让带话的总统府秘书长张国淦说：“请你告诉总理，一万件事我都依他，只有这一件事办不到！”张国淦不好实话回答，转向北洋另一元老徐世昌意图转圆，徐世昌于是劝他说：“我以为一万件事都可以不依从他，只有这一件事必须办到。不要怕又铮跋扈，芝泉已经够跋扈了，多一个跋扈的，不见得更坏些。”
好吧，徐树铮管国务院的事，张国淦作为和他接触最“亲密”的总统府秘书长既然没意见，那这事就算了吧。好歹自己是总统，与国务院秘书长的交集并不多吧？
偏偏段祺瑞并不是一个非常勤奋的总理，大小事务多委之于秘书长徐树铮。这让素来讨厌徐树铮的黎元洪有了更多与他交恶的“机会”。有一次，徐树铮拿着一份委任状请黎元洪盖总统印，黎问起其人的履历，徐竟然回答道：“现在实行内阁制，总统您何必多问！我很忙，您还是快点盖印吧！”黎十分愤怒，对左右说：“我本来不要做什么总统，你看他们眼中哪里有我！”
而段祺瑞对徐却每每纵容，有一次徐以辞职要挟黎元洪，段祺瑞竟为其说情，说他“为人耿介，不屑妄语”云云，甚至于说“凡徐所为，本人愿负其责。”黎元洪等听了，都觉寒心。因此，最初的府院之争，与徐树铮有很大关系。
还有，段祺瑞规定，总统府的各种信件，包括总统私人信件，得先送到国务院来，然后再拿给黎元洪，等于他先检查一下。黎元洪知道了很恼火，但无可奈何。黎元洪也想网罗人才、精兵猛将，比如他想请梁启超当总统府秘书长。梁启超这名气大呀，一个月给开2000块现大洋，这可是一大笔款项。结果呢，梁启超看出来了，黎元洪是个傀儡，我跟你也没出息，一拖再拖。等段祺瑞出面请梁启超到国务院，梁启超欣然同意，把黎元洪气得不行。没办法，自己没有实权。
黎元洪为对抗徐树铮，乃聘请一样霸气纵横的丁佛言为府秘书长。丁佛言与黄远生、刘少少并称“报界三杰”，笔锋锐利，又素喜打抱不平，如今乃利用报纸为黎元洪张目。徐树铮则以牙还牙，创办《公言报》与之抗衡。于是府院之争，竟然成为报端的花边新闻，搞得天下皆知。而黎段二人也日渐身陷其中不能自拔，后来竟至事事必反，为争而争。张汉卿晋升少将之争议，就是黎元洪在职权范围内恶心企图依附段祺瑞的张作霖。
矛盾激发迟早的是，就缺一个引子了，这个引子很快出现。
第一次世界大战爆发，中国要不要对德宣战呢？最初是黎元洪主张与德国绝交，因为他的老朋友美国参加了对德作战，要求中国与之采取一致行动对德宣战，并答应借给军费，黎元洪表示同意。
段祺瑞起初是深信德国必胜的，到后来在张国淦的游说下，段祺瑞又变成了一个极端的反德派，极力主张对德宣战。而日本支持段祺瑞参战，答应借巨款给段祺瑞，以扩充其势力。
这样，中国若参战必有利于日本，美国遂指使黎元洪伙同国会反对参战。黎元洪为了与段祺瑞相反，硬生生地转变为亲德派，竭力反对宣战。
什么政治理念，在他们眼里都是儿戏！
黎元洪主张不宣战有理由啊，他认为以我们这个国力、兵力，拿什么跟人家打？段祺瑞主张宣战，为什么？他攥着兵权，他一宣战，以后部队的地位肯定提高啊。当时黎元洪不同意，也很强硬，我总统不同意。
这是没办法的事，现在如果妥协，局势只会更加恶化，几无再翻盘之力了。所以段祺瑞即使要以国会的名义压他，黎元洪也不同意。笑话，国民党和南方的地方势力是黎元洪的依托，国民党议员在国会人多势众、拥有绝对多数，靠投票来分输赢，段祺瑞输定了！
这个时候段祺瑞想了个办法，他把各省的督军都招来了，就是各省的军事领导人，组成个督军团进北京，想用外力给黎总统施压。没办法，研究系、进步党和北洋督军是段祺瑞的基础。由于研究系进步党在国会的议案屡遭否决，老段只有在枪杆子上下功夫。
现在用得着老张了！