张汉卿决定提前实施变革。在卫队旅时期，他已经把作战、侦察等业务都放在参谋部下，并把参谋长提升到部队首长的地位。因为卫队旅军令条例规定，由旅长、旅参谋长、旅政治部主任集中决定军队重大事务。其后升级到卫队师及扩充了第一师，这个条例也被沿袭下去。
张作霖担任东三省巡阅使后，手下督军、师长一大把，如何有效控制膨胀的军队立刻成为攸关生死的大问题。完全掌握每支部队，精力完全不够用；但失去控制的督军和师长们极易在自己的地盘里尾大不掉，权力控制不能全靠忠诚。张作霖自己是军阀出身，却不想再在手底冒出新军阀来。
这时候，张汉卿的这个参谋长制度就很有效地限制了各省督军的权力，因为督军的军事命令需要督军署参谋长的副署。各督军署参谋长是由张作霖一手任命的，在业务上受巡阅使署总参谋长直接指挥…同样，各师的师长及混成旅的旅长也受到同级的参谋长的制约，而这些参谋长亦在业务上向督军署参谋长报告…约束多了，起乱心思的想法也就少了。
《奉军建军纲要》的另一项成就，是提升了军纪。
在民国史上，以军纪来讲，国民党的党军最好，冯玉祥的陕军其次，吴佩孚的直军也不错，就数奉军的纪律为最差（当然，张学良、郭松龄带的军队算是例外）。所以从战斗力上讲，直奉两次大战，人数、装备都占优的奉系都落在下风并不意外（当然，正史上的第二次直奉战争吴佩孚输在冯玉祥的背后一枪，否则奉军能不能胜还要两说）。
张作霖就本人来说还是很希望军队有军队的样子的，他也极力反对扰民，但是由于奉军上层、中下级军官的主要来源是马匪，兵员的素质也参差不齐，要达到理想化的“文明之师”基本无望。可是有张汉卿在，一切就都不同了。卫队师和第一师搞的“三项纪律八项注意”反馈相当不错，实践中为内外所褒扬。
张作霖内举不避亲，命令全军执行。从这些条例的普及起，奉军官兵知道了自己是东北人民的军队，保家卫国是军人的职责。既初步解决了军人们“为谁打仗”的疑问，也竖立了军人在社会上的正面形象，军人士气上来了，战斗力自然不会差。
对卫队师和第一师的控制是张汉卿的禁脔，当然开始进行成熟的修订，从上到下开始讲述军人无条件服从于政治的原则----这条后来演变为“坚持党对军队的绝对领导”，后来张汉卿更简化为“坚持党指挥枪，而不是枪指挥党”。
是时候给军队正名了。有了统一的编制，不能让各部队五花八门地各自为政，也需要在全军树立起一个统帅的认知，张作霖接受张汉卿的提议，整合东三省的军队，称之为奉军。
没有省防军之分、没有保安军之分、没有护路军之分，大家都是奉军。
自然，张作霖是当之无愧的奉军总司令。在司令部下辖一长八处，即总参谋长和秘书、参谋、副官、政务、教育、军械、军医、军法八处。完善“军令”与“训令”制度，全部奉军受张作霖节制。吴俊升、孙烈臣为副司令，张作相为总参谋长，张汉卿为副总参谋长兼参谋处长。为了减少军令分歧及人员混乱，巡阅使署与奉军总司令部实行两套班子一套人马。
吴俊升先后在剿灭巴匪、胡子之战中尽心尽力，且为张汉卿背过黑锅，也曾经为张作霖得到黑龙江作出了汗马功劳，又对张作霖、张汉卿的调令言听计从。由于之前种种及这两“黑”的功劳，作为老奉系（27师、28师、29师三大王牌师）的奠基人之一的角色，他被任命为奉军的副总司令是得到上下首恳的，这也奠定了吴俊升在奉系元老地位。
孙烈臣更不用说，完全是张作霖的代言人；张作相则由于参谋长地位的提升而水涨船高，与吴、孙共同形成了奉系的三驾马车。
张汉卿也由于巡阅使署总参议的职务而正式跻身奉系最高权力层，除此之外，东北讲武堂“监督”、奉军副总参谋长的身份也给他添了许多彩。当然，更让他不输奉系三驾马车而成独立一极的是他人民党主席及完全控制两个师的事实。
由于财政的好转，军人的待遇能够显着提高。而军人除可以得到津贴外，入伍期间均可在籍贯地获得免税的10亩土地，极大地鼓舞了士气。而装备也鸟枪换炮，到1918年底，第27、28、29三个师都装备了制式统一的师属炮兵团，卫队师、第16师、第1师都装备了师属炮兵营。