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虽然没有明说以杨增新为首的迪化城众官员缔结的是城下之盟，所有人都知道，在杨增新同意张汉卿的所有要求后，新疆已经打上了奉系的烙印。
归化军在杨增新的督令下开始改编成为新疆保安军。类似于人民军的架构，督军署相当于司令部，所有军令都由参谋长执行；全部军队编为3个骑兵团和2个步兵团，各团配置了政治干部。
以迪化保安队为基础，武警部队在各地筹建。这是一支杨增新亦无法管制到的半军队化武装，考虑到原归化军并无大炮等重武器，武警部队的成立，对军队的牵制力量更大。
清除旧有势力的影响，自下而上的改革是一条屡试不爽的妙招。新疆80％的土地掌握在不到5％的地主手里，90％以上的农民都是地主的奴隶，当牛做马，两头不见太阳下地干活，一年下来还吃不饱肚子。为了颠覆这种剥削，赢得人心，首先在新疆的几个较大的地区开展土地改革。
同东北的一样，这场改革打倒了千百年来压在各族人民头上的地主阶级，彻底废除了封建土地所有制，使65万农民，分得137万多亩土地，使各族农民不仅摆脱了汉族反动统治阶级的压迫和剥削，而且结束了本民族内部的以地主阶级为代表的封建势力的压迫和剥削，真正在政治上、经济上得到了翻身，也使得人民党在新疆至少在兵团所在地域得到底层的支持。
还在打下甘肃时张汉卿就指出：“要彻底解决民族问题，完全孤立民族反动派，没有大批少数民族出身的人民党干部，是不可能的”。同样地，“解决新疆问题的关键是我党和维族的紧密合作”。
1920年1月下旬，经人民党西北局批准，首先吸收了15名少数民族人民党员。这15名党员，包括7个民族，其中维吾尔族8名。
为了培养少数民族干部，张汉卿当时要求青海、甘肃、新疆、宁夏各省人民党省委及一切有少数民族存在地方的地委，都应开办少数民族干部训练班，并要求新疆在3年内要培养出1000名左右懂得政策又能联系群众的忠实于人民利益的民族干部。
同期，新疆结合本地实际，在伊斯|兰教和藏传佛教中开展了宗教制度的皿煮改革。
改革的主要内容有：废除宗教中的封建特权，如废除伊斯|兰教门宦制度中的“放口唤和教主继承制”等，废除寺庙私设法庭、监狱和刑罚，干涉民事诉讼，擅自委派部落头人、阿訇，私藏武器，干涉婚姻自由，压迫歧视妇女以及干涉文化教育，强迫少年儿童到寺院学经，当喇嘛等；
废除寺院的土地、森林、牲畜等封建生产资料私有制和高利贷、无偿劳役等剥削制度；
废除寺庙强迫性的宗教经济负担制度，禁止敲诈勒索群众的财务；
废除寺庙的封建管理制度，包括管家制度、等级制度、打罚制度和大小寺院的隶属关系等，实行皿煮管理制度；
肃清了宗教界内披着宗教外衣的反革命分子，巩固了人民政权，安定了社会秩序，使信教群众能够进行正常的宗教活动。
这个时候，新疆政|府的影响力还是很大的，由于上层基本没有民族干部，所以这种自下而上的运动没有触及到上层官僚的利益，而下层百姓获得了实实在在的好处，只有地方上的政教组织得到彻底的破坏。但是他们没有军事力量，在觉醒的民众压力下，一切都是浮云。
通过对伊斯|兰教和藏传佛教的宗教制度的皿煮改革，使伊斯|兰教和藏传佛教摆脱了剥削阶级和反对分子对宗教的控制和利用，革除了长期以来对广大信教群众的宗教剥削和压迫制度。
与此同时，还改变了长期以来宗教与民族，宗教信仰与宗教制度，宗教与生活习惯，宗教与行政，宗教与教育不分以及宗教干预国家法律和司法的现象。
考虑到人民党立足未稳，当时在进行社会改革时采取了稳重和谨慎的步骤，充分考虑了新疆民族和宗教的特点。“在新疆实行社会改革，应充分地估计到民族和宗教的特点，有意识地在民族和宗教问题上作一些让步，以换取整个社会改革的胜利，是完全必要的。”
民族区域自治、宗教信仰自由等被确定为政|府在牧区现行政策宣传的重点。这些政策团结了一切可以团结的力量。