然而，即将开始量产新型穿梭机的时候，那场大浩劫不期而至。
就在大多数和平派们再一次将自己的灵魂意识上传到精神网络的虚拟世界中，并快乐地玩游戏的时候，崩坏聚合体轰然入侵了他们的故乡宇宙以及临近的几个秩序宇宙。崩坏天灾横扫了星花文明的几个网络服务中枢，连入中枢服务器的个体都感染了崩坏。崩坏资讯集合体沿着星环联邦的信息网络快速传播，犹如病毒般疯狂蔓延。
短时间内，大部分自然人公民们被崩坏感染，开始攻击身边的一切，越来越多的舰队陷入了疯狂，一个又一个星系纷纷处于混战状态。
更可怕的是，大量的花仙子由于自身的防火墙系统的缺陷，也被崩坏感染了，然后这些超级战士开始了高效率的无差别杀戮。
危难关头，星花联邦的幸存者们展现出了极为团结的一面。他们立刻放下了一切分歧，无论是所剩不多的斗争派，还是依然占据90%以上席位的和平派，都展现出了大无畏的勇气，都参与了镇压崩坏怪物的战斗.......
幸亏还有将近四分之一的花仙子升级了数据网络防火墙。幸存的科学家们用元能技术这样的超凡能量技术升级了他们的防火墙，所以这部分花仙子没被感染。于是，她们成为了镇压崩坏之乱的中坚力量。
其中经过艰苦卓绝的战斗，故乡宇宙的崩坏之乱终于被平定。由于被崩坏意志感染的花仙子太多了，所以平乱过程非常艰难，且代价太过沉重！
投入战斗的斗争派人员绝大部分已经牺牲，幸存下来的和平派们也是万不存一；作为戡乱主力的花仙子们，在生产线持续补充个体的情况下，依然损失了80%以上的建制单位。
......
被崩坏之乱搞得元气大伤的星花文明还未缓过劲的时候，萨尔纳迦势力以及旧日支配者势力再度趁势入侵。它们几乎倾巢而来，企图给予虚弱的星花文明致命一击。
残存的自然人个体们已经是全民皆兵的状态。人们奋勇抵抗入侵者，但大多数人并不擅长战斗，而且人数太少，可操作的先进飞船严重不足。
自然人公民组成的国民军虽然拥有技术先进的舰队，但国民军终究还是寡不敌众。萨尔纳迦与旧日支配者组成的联军的规模实在是太庞大了，它们迅速攻入了星花联邦的故乡宇宙。
这部分最后残存的自然公民组成的最后一支国民军抵抗组织最终决定把各种备份资料输入各型穿梭机，打算让它们搭载着幸存的幼年个体逃离故乡宇宙。可惜为时已晚，敌军封锁了祖宗母星的所在星系的空间，从母星出发的各种穿梭机全部逃逸失败。然后，国民军残余部队把来不及逃离故乡宇宙的幼年个体们全部安置在祖宗母星的内核避难堡垒之后，向敌人发动了最后的冲击。
在临近的多个宇宙中力挽狂澜的花仙子军团赶到故乡宇宙之前，国民军全部牺牲。内核避难堡垒逃离失败，被敌人捕获。
萨尔纳迦与旧日支配者无视了花仙子部队的最终通牒，依然蛮横地摧毁了星花文明的祖宗母星。花之母星被灭星武器碾成游离原子态尘埃，避难核心舱的幼体们也惨遭不测。
......
它们以为胜局已定之时，姗姗来迟的数十支花仙子军团在肃清了敌人的阻碍后，终于进入了故乡宇宙。
然而敌人万万没想到，在星花联合帝国看似亡国灭种的文明濒临毁灭的绝境下，完全由花仙子组成的部队倒是越战越强，并且花仙子部队的规模越战越多！
在得知了这些经历崩坏之乱后侥幸存活的自然人公民全部牺牲，只剩昔日失踪的二位勇士依然生死未卜之后，所有存活的花仙子的思维核心冒出了一个无比强烈的念头——复仇！
所有的花仙子军团全部发起了全面反攻。他们越战越多，越战越强，不仅将萨尔纳迦大军与旧日支配者大军赶出了故乡宇宙，还反攻到它们的本土。
它们引以为傲的用于镇压和收割低等星际文明的各种超级武器，在对付花仙子军团的时候效果不佳，但也实实在在地让花仙子们付出了惨重的伤亡代价。
战火最终烧遍了萨尔纳迦与旧日支配者的全部的领土宇宙，萨尔纳迦与旧日支配者们终究自食恶果。萨尔纳迦势力与旧日支配者们的残兵败将们只能四处逃亡，逃到其他的陌生宇宙里苟延残喘。
复仇战争胜利结束后，残余的花仙子们迷茫了。虽然她们找到了自然公民遗留的完整基因库，但他们受到了自身的伦理逻辑的限制，因而并没有选择去培育自然人个体。绝大部分花仙子转入休眠状态，继续等待着她们公认的那两位在无尽虚空中迷航的主人，也有一小部分个体去别的宇宙寻找他们二人。
她们坚信，已经被改造为长生种的那两位自然人个体有朝一日必定回归，在得到造物主的伦理授权的情况下，花仙子们会复苏整个文明。
康乐、安宁两人分别降生为李康宁、李安乐，出生在2030年代的华夏。在第二世，他们成为华夏最顶尖的战略级科学家。李康宁是c4作物之父，催生农业大革命的战略科学家。李安乐是新型受控核聚变发电站机组的总师，是能源领域的战略科学家。
后来没过多久，那艘跨世界文献馆飞船的AI核心舱，找到了他们俩，就物归原主了。由于并不知道太多信息，李安乐、李康宁希望穿越到其他世界玩，所以，AI核心舱在临时赶制了一套用于跨世界航行的备份机体后，就带他们离开了这个世界，来到了另一个平行宇宙，降生到了Ad650的大唐，开始了他们的第三次人生。
......
后来，不知过了多少个百万年，某位花仙子通过超时空精神链路，向所有的花仙子们发送了留言信息：“发现疑似目标，目标灵魂已确认！发现造物主，发现造物主！”