蒙恬虽说也震惊不小，但他毕竟阅历较深，又经历了许多事情，遇事不像扶苏那样六神无主。这时他倏然冷静下来，见扶苏进去了，就急忙跟了进来。扶苏怀抱宝剑，哭了几声就要自杀。蒙恬急忙上前扯住衣袖，说：“公子且慢，事情太突然！现在陛下出巡在外，和我们没有联系，陛下为什么要赐死我们？况且我们也没有过失啊！再说陛下不会如此绝情！他一世英明，决不会胡乱的决断事情。他派我率领三、四十万大军驻扎在北方，又让公子作我的监军，这是关系到天下安危的大事！现在只因一个使臣的到来，你就自裁，谁知道这是不是别人的奸计？我请求公子重新向陛下请示一番，问明自己究竟犯了何罪？等请示以后再死不迟！”扶苏痛哭流涕道：“主上命令臣下，父亲命令儿子，还请示什么呢？您看，这就是父皇经常佩挂的那把太阿宝剑啊！”蒙恬看了看剑，又说：“陛下让我二人在这里带兵，是有用意的。秦国实行郡县制，不兴封分制。陛下的公子无一人能掌兵，得土地，因此他把公子派来做我的监军。陛下此意：就是朝中一旦有急，您是长子，长子就是皇位的继承人，所以陛下让我帮助你，可见他是多么的睿智！现在陛下出巡在外，远离京城。京城和外地之间究竟发生了什么事情？我们无从知晓。请公子冷静一下，决不要不明不白地先去死。我立刻派人星夜赶往东方，亲自面见陛下，问明原因！”
扶苏沉默了半天，失望地说：“我最了解父皇的脾气，别人的生死祸福对他来说只是一念之差。自古以来，君教臣死，臣不得不死；父让子亡，子不得不亡！没有什么好请示的。”蒙恬非常气愤地说：“假如陛下在外面发生了意外，这就不是他的本意，而是奸贼搞的阴谋诡计！你不明不白的死掉，不正中了他们的圈套吗？以老父推测，陛下一定是在外面发生了意外。陛下让你做我的监军，就是防止朝廷内部有不测之事。现在老父有三条计策，请公子选择：第一，我们立即斩了使者，起兵十万，开赴咸阳，先控制京城，然后向皇帝请示罪责，这是上策。第二，马上派人打探皇帝的近况，再请示罪由，这是中策。第三，公子只身逃往匈奴国，我派人向陛下申诉冤情，问明原因，这是下策。总之等请示之后，再做决定。就算我们有罪，也有苦劳啊！陛下必定反悔而赦免我们。不管怎样，公子绝对不能先死，请公子按照老父的计策先保住有用之身，然后行有为之事！”扶苏抬头缓缓道：“要是按您的计策去请示，确实是父皇要我们死呢？我们就是谋反！那时再死，却还要落个谋反的罪名，不是更冤枉了吗？老将军不要再说了，您若是不肯死，就请转告父皇，说我扶苏宁死不做不忠、不孝、不义之事！”说罢举剑就要抹脖子。蒙恬抱住扶苏，大吼：“这怎么是谋反？是按照皇帝的本意去做，是为了秦国的江山社稷啊！胡涂的公子，你清醒清醒吧！”这个时候，使者便跟着走了进来，他与田佗冷酷无情地催促蒙恬道：“难道将军想抗诏谋反吗？”扶苏听说‘谋反’二字，仰天大叫一声，用力推开蒙恬，自杀身亡。
蒙恬见扶苏已经死了，伏尸大哭，肝肠寸断。蒙恬不肯就这样不明不白地死掉，没有自杀。使者就把他抓了起来，夺下将军印，装在囚车里。副将军王离见事情太突然，亦惊得不知所措，只好接管了将军印。田佗做监军。将士们听说扶苏被杀，蒙恬被抓，一时间军心哗然。有诗叹扶苏说：
引刀一快叹嘘唏，遗恨含冤今古奇。
如若扶苏听大计，雄兵十万卷来时。
使者马不停蹄，拿着太阿宝剑，星夜赶回京城复命。这时皇帝的车驾已经到了咸阳。胡亥、李斯、赵高三人听说扶苏已经死了，蒙恬押在阳周县，大喜过望，于是发布了丧事。群臣和百姓听说始皇帝已经薨逝，非常震惊。丞相冯去疾和李斯率领百官披麻戴孝，设灵堂祭奠。因为骊山陵还没有完工，就暂时把灵柩放在咸阳宫里。
紧接着左丞相李斯摄政，他召集百官上朝。中车令赵高当众宣读了诏令，立太子胡亥为皇帝，是为二世皇帝，历史上称为秦二世。群臣大为震惊，他们没有想到即位的会是少子胡亥。新皇即位后，冯去疾仍然是右丞相，李斯为左丞相。可李斯拥立新皇帝有功，朝廷中的事情主要由他来决定了，其余官员位次不变。胡亥又升赵高为郎中令。从此赵高出入宫禁，侍奉在新皇帝的左右，宫廷大权就落在了他的手中。