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中平二年（公元185年）八月，朝廷派遣张温接替皇甫嵩，曹操本就是皇甫嵩请来参赞军机的，自己有没有带兵马，因此皇甫嵩被罢免之后，也回返东郡了，至于荀彧，则是提前成为了曹操的谋士，跟随曹操一起回返东郡。
张温接替皇甫嵩的帅位之后，率领十万余人马行至美阳扎营。边章和韩遂也率本部来美阳作战，双方胜负未分，张温一度未能取得优势。
十一月，一颗流星坠入叛军营寨，叛军军心动摇。董卓率本部人马趁机突袭，击溃叛军，迫使边、韩向西退入金城郡的榆中。此战得胜后，张温兵分两路追击叛军:周慎率军三万攻榆中，董卓率军三万追击湟中义从胡。
但周、董都战败了。周慎不顾部将孙坚切断敌军粮道的建议，结果自己的粮道反遭敌军切断，只得仓皇撤退;董卓在望垣被羌人包围，粮食耗尽。董卓采用谋士李儒的建议，在河上筑堤坝，作捕鱼虾状，却秘密率军渡河，得以逃脱。羌人想追击时，因被堤坝拦截的河水太深而无法渡河。此次进攻，诸将中只有董卓全军而还。
虽然美阳之战阻止了叛军向汉朝的心脏地带进军，因汉军进攻失败，叛军仍在黄河上游保有势力。渭河上游河谷成为双方争夺的地区。
中平三年（公元186年）冬，叛首边章病亡，北宫伯玉、李文侯死于内讧。新任凉州刺史耿鄙认为可以从中取利，试图在没有来自其他地区的大军援助的情况下在凉州重建汉庭的统治。傅燮试图劝阻，称百姓并未习惯耿鄙这个长官、军队也没有时间建立士气，但耿鄙仍自行其是。
中平四年（公元187年），耿鄙集结六郡军队攻地处西疆的陇西郡。先前因陇西郡太守董卓率部前往参与朝廷平定并州叛乱使得陇西郡兵力不足，防务空虚，陇西郡为韩遂军所占。但耿鄙任用贪官程球为治中，让士绅和百姓寒心。四月，军队开至陇西郡治狄道时，耿鄙军发生兵变，程球和耿鄙都被杀死。变兵在狄道人王国带领下加入叛军，合围陇西以东的汉阳。傅燮身为汉阳太守，善待百姓，远近敬重，叛军在和他作战时踌躇了。叛军数次试图说服他逃跑或投降，但尽管人力物力日益短缺，傅燮仍决心誓死守城。在一场孤注一掷的冲锋中，傅燮阵亡。
此事后，耿鄙下属军司马马腾率本部投韩遂，共推王国为帅，叛军一齐劫掠长安周边地区。他们也首次统治了整个凉州。张温因而因平叛失败被解职。
中平五年（公元188年）末，朝廷几乎放弃了收复凉州的希望，很大程度上让地方自守。但凉州叛军首领王国等人再次率大军东进攻长安门户陈仓，使得长安三浦地区再次陷入危机，灵帝本打算再度起用皇甫嵩为帅，守卫长安。皇甫嵩欣然领命，但此时朝廷的精锐大军已经在这几年里消耗殆尽，因此朝廷能给与皇甫嵩的兵力只有五万余人，而且还是新军。皇甫嵩、卢植、朱儁、蔡邕等人联名请奏，凉州之乱多年未平，民心思定，但如今朝廷实力有限，这些兵马固守有余，进取不足，希望朝廷能出面，请并州军前往收复凉州。
这份联名的奏请在朝堂引发了轩然大波，朝廷顿时分成了三派：赞成、中立、反对。
赞成的自然是那些与刘飞交好，而且不希望凉州从大汉分裂出去的那些人，这些人多是以卢植为首的清党人士，还有一些以皇甫嵩为首的军方将领。
至于那些中立的“骑墙派”，则是以大将军何进为首的外戚势力以及十常侍为首的宦官势力，这些人本来就和刘飞没有利益冲突，所以一直采取“望风”对策，灵帝支持哪一边，他们也跟着支持哪一边。