终于得到了朝廷的明确指示，沈葆桢也是松了一口气。他一面抓紧部署，调度军力，准备赴台。一面与陈济方频繁发报，商讨对策。
到了这时，所有的盖布都已掀开，陈济方也就不再客气。他随即正式抛出了，他的应对方案。并请沈葆桢与他一起，联袂上奏。
陈济方的方案是：封锁台湾，困贼莫归；诘问琉球，震慑东瀛；照会列国，声讨不义。
他同时还提出，应该立即停止与日本的一切交涉。直到日本服输，自行前来求和，再视其情形，另作议论。
并且还要对美国进行外交施压，迫使其撤回参与日军行动的人员和船只。
沈葆桢对陈济方的方案，大部分表示赞同。但对其中“困贼莫归”和“不与日本交涉”两项，感到有些为难。
“困贼莫归”，就是要围困住侵台日军，不让他们跑了，还要将其控制住，作为将来谈判的筹码。
沈葆桢担心，自己手中的战力不足，恐无法完成这项任务。他更怕日军被围后，狗急跳墙，最后难以收拾。
而与日本交涉一项。他认为还是应该主动尝试外交努力，如能让日本主动撤军，得以息事宁人，不是更好么。
陈济方为了说服他，反复发报，苦口婆心。还承诺，必要时可派商团协助。又恰逢期间，李鸿章也表示愿意派出淮军，助沈葆桢守台。
这才让沈葆桢的底气壮了许多，全部接受了陈济方的方案。
当朝廷收到陈、沈二人的联署的奏折后，也是犹豫再三，最后才勉强批复“依议”。
有了清廷的许可，陈济方也终于可以放开手脚。
他联络北洋大臣李鸿章，同他一并，从各自渠道向列国发出照会，声讨日本的不义恶行。
特别是对美国提出的外交抗议，促使了美国政府电令驻日公使，严禁美人美船参与事件其中。
在做足了外交准备之后，陈济方就将正式派出舰队，开启“诘问琉球”。
而这时，沈葆桢又发来了求援的电报。
这个沈大人，总是觉得自己的力量太弱，并且忧心忡忡。现在陆上有支援，已让他有所安心。但对海上的情况，却还是没底。
原因是船政水师，虽然舰船不少，但由于以前提到过的设计问题，真正可用于作战的舰只相对较少。
并且在前两年，朝廷将船政的一些舰船，调拨给了北洋。这更降低了船政水师的战力。
虽说当前，船政水师足以压制前来台湾的日军舰队。但日本国内水师实力如何，沈葆桢却并不清楚。
在此情况下，若日本水师倾力来台怎么办？为了稳妥起见，他这才向陈济方提出要求，希望商团水师营也能派出部分舰只，来台海增援。
回复他的，又是陈济方的一番分析和劝慰。
陈济方告诉他，日本的海上实力不过尔尔，大可以放心。
另外，日本也不可能再派舰队来台湾的。因为只要水师营的舰队一到琉球，他们就不敢再离开日本了。
如此你来我往，水师营前出牵制，船政水师便可以安心的控制台海。