由此也能看出，陈济方对这两支最具传统的部队，是多么的重视。
队伍选好了，就要选将了。
陈济方当然是希望能够亲自带队，上阵杀敌。不过作为统管全局的主帅，这是不可能的。
他也为此感叹，怕是再难有机会重返沙场了。
最后，领军前往台湾的任务，还是交到了陈经山的肩上。
在他的麾下，除了商团第一团外，又加强了第三炮营等部队，总兵力近五千人。
在向相邻的清军进行了通报后，六月中旬，商团远征台南的行动开始了。
在“武功山”号、“紫金山”号和“栖霞山”号三艘巡航舰的护送下，陈经山所部人马和装备，搭乘十余艘运船离开上海。
经过数日航行，在台湾枫港以南海岸登陆，并沿岸线向日军占领地域推进。
而三艘巡航舰，在完成护航后，转换任务，继续前行，袭击了日本舰船在射寮湾的锚地。
与清军和平对峙时日已久，日本人未能料到会遭到攻击。因此在水师营舰队的突袭下，仓促应战，却被打得惨败。
日军炮舰“孟春”号，中弹后燃起大火，在冲滩搁浅后，烧毁在岸边。
日舰“日进”号，试图冲出海湾，向外海逃窜。但遭到了“武功山”号和“栖霞山”号两舰的夹击拦截。
在围攻之下，“日进”号受到重创，动力舱室也被炮弹击中，航速锐减。最后在绝望之下，只得举白旗投降。
见到战舰被歼之后，余下的日本运船更是无力，也纷纷放弃抵抗，成为水师营的俘虏。
如此一场短暂的“射寮湾海战”，就将侵台的日本船队，全部歼灭了。水师营的三艘战舰，也只是轻微受损，人员略有伤亡。
隆隆的炮声，日舰燃烧的火光和爆炸声，也惊动了岸上的日军。
但他们只能眼看着日舰的惨败，毫无办法。随后又在海战结束后，匆忙放弃岸边的营地，退向内陆，以避免遭到水师营战舰的炮击。
船队的覆灭，代表着日本人被彻底困在了台南。
不过西乡从道等人也明白，既然清国人能从海上发动袭击，那么也很可能会在陆上进攻他们。
于是他们继续向内陆深入，企图利用地形来躲避攻击。
但侵略者们的算盘打错了，因为无论他们躲到哪里，逃得多远，对他们的讨伐都无可避免。
而且这个时刻也很快就到来了。
当侦查的斥候报回了日军的方位等情报后，陈经山迅速布置，开始了对日寇的围剿。
日本人不是排湾族原住民，他们利用当地地形的能力有限。再加上他们在兵力和装备上的不足，肉体和精神上也早已临近崩溃。
士气低落的日军，在商团精锐面前，没能支撑几日。
他们当中，除了部分被消灭以外，包括西乡从道在内的大部分人，最终都沦为了战俘。
台南的战局，也以商团大获全胜而终结。
而就在陈经山正组织部下，打扫战场，等待善后之时，远在琉球的陈济怀所部，也开始了他们的攻势。