钱谦益还提出设想，他以前看过李之藻和利玛窦绘制的《坤舆万国全图》，近期又看到了李之藻指导工作制作的地球仪，知道海外有大量地盘可以居住，将来海运规模不断扩大，以后如果明朝内地人口太多，也可以设法从海路迁徙到海外各地。
如果明朝发生灾荒、流寇作乱，全部杀掉太残忍，放掉也不行，这些人已经习惯抢掠，难以安居。可以招安之后，把这些人放逐到海外那些地盘，可以断绝乱源，又使这些人有生路，还能散播中国人于海外，别开天地，也能一举多得。
这个建议很有穿越者思维，崇祯自然非常赞赏，全力支持。批复南方由海运逐步代替漕运的事情，就由钱谦益主管。汪汝淳以前也在海上经商多年，对海运也有相当的经验，就任命他为这件事的提督，原先的漕运士兵，也不能让他们失业，这也不难，河运和海运都属于航运，这些人稍加训练，也能用在海运中。
按原计划钱谦益打开了南方战时新政的局面以后，就该回北京了，不过他在南方开展了很多新的工作，兴办海运、开办官方钱庄、推进人口普查、制定新版黄册编写规范，短时间无法从江南巡抚的位置上卸任。
阎应元则领受到了新任务，去浙东义乌，建立一支兵力五万人的新版戚家军，要求是按戚继光的练兵方法，训练出一支战斗力不低于当年戚继光亲自率领的戚家军的军队。同时崇祯也拨出了两百万军饷运去了四川石柱交给秦良玉，让她把白杆兵也扩充到五万。这是参加浑河之战的两支王牌军，只要兵力足够，战斗力肯定胜过后金。
得知了这个消息，在阎应元临走前，沈飞找到了他，跟他说了一些军事上的想法，戚继光练兵之精冠绝天下，经常打出几十比一的交换比，不过其实每一仗都保持对敌军的兵力优势，武器装备也优于敌军，无论是南方还是北方，都强调武器“五件当他一件”。
就是兵贵精也贵多，“以少胜多”是一些人喜欢听的故事，不过却是侥幸行险，真打仗必须保持三比一甚至四比一的兵力优势，确保稳操胜券。这些观念要写进国子监军校教材在军中普及，并且向普通百姓士子才宣讲清楚道理，不会因为将来建虏覆灭战时状态结束而使以前的迂腐观念又死灰复燃。
阎应元很赞赏沈飞的观念，还打算邀请沈飞也参加军队建设的工作，这次沈飞没有答应，阎应元不是王徵，沈飞又和想和他合作制造连弩，就不花这个时间了。先和凌蒙初一起回京，跟随的还有陈洪范。崇祯在武英殿接见凌蒙初和陈洪范时，沈飞又在旁边站岗。崇祯已经知道陈洪范又施展历史上的强项卖人神功，卖了吴昌时破案有功，不方面直接治罪。
崇祯问起陈洪范是辽东人，陈洪范只能承认，崇祯就顺水推舟说要调他去辽东前线，陈洪范意外一呆，崇祯露出不悦的神情，陈洪范觉得不妙，只能慷慨激昂地谴责了一番建虏，大讲了一番想剿灭建虏的志愿。崇祯顺势说调他去咸镜镇刘兴祚处当一个拨夜参将，旁边的凌蒙初在南京时就已经听阎应元说过崇祯想整治陈洪范，也知道陈洪范极为狡诈，这个时候觉得好笑。
沈飞也已经明白了崇祯的用意，这样狡诈的家伙，一般人对付不了他。不过刘兴祚是在辽东后金治下二十多年末日求生锻炼出来，察颜观色，揣摩人心是基本技能，很快就能判断出陈洪范是怎么样的人。刘家七兄弟又是铁板一块，也不怕陈洪范挑拨分化拉拢，拨夜又是经常要深入了后金地区去侦察的，要找了机会整死他非常容易，之后和崇祯的私下交流里也得到了证实，崇祯说他会给刘兴祚一道密旨，让他在关键时刻不必对陈洪范手软，以刘兴祚的聪明，就明白崇祯把陈洪范调到他那里是什么意思了。
在沈飞南下这几个月里，胡正言和吴发祥带着一批刻印高手已经到了北京，和一批书画高手设计了新版崇祯宝钞的图像，已经有了定稿，现在正在制作刻印铜版。
江希舜和傅歧山都找了过来，也授予格理院翰林学士职务，并且都封了伯爵，让他们带着一批学生传播在全国各地推广人痘技术预防天花，已经把他们的人痘技术整理成书全国刊印发行，并且交代各地宣化司配合宣传人痘技术功效，计划各地方建立天花防疫和统计部门，承诺他们只要使天花发病率大减，可以晋升为侯爵。
张景岳已经找到，喻嘉言也“转了专业”钻研医术，正好请教张景岳，两个人现在也都已经是翰林院格理院学士，《景岳全书》成书于天启六年，历史上是顺治七年（1650年）才初版刊印，现在也提前刻印了，崇祯已经把“续命八丸”药丸给他吃了，并且把药方给了他研究。
知道了这个消息，沈飞马上找了张景岳，把手里掌握和构想中的其他药方交给了他，并且说了一下自己的一些药理思路，《笑傲世界》同样是出自平一指的“镇心理气丸”、恒山派治内外伤的两种药方、出自《神雕》世界桃花岛三种药方。这些是成方，药效已经验证过了，能有改进更好，否则也算是丰富这个世界和明朝的药方资料。
另外一些沈飞构想中的药方才是想和高手共同钻研的，有伏苓首乌丸、生生造化丹、天王宝命丹、豹胎易筋丸、雪参玉蟾丸，这些沈飞手中并没有原版药方，只搜集了药材加药理的推断。这些丹药和药丸作用无论就是四类：治外伤、治内伤、增强筋骨体质、增强生命力。同类药物可以设法合并，有缺陷的像豹胎易筋丸加入一些其他药物中和药性取消副作用，哪怕削弱一些功效。现在喻嘉言还没有学成，只有张景岳一个高手，先把药方拿出来，以后招募了更多医药学家一起钻研改进。