另一个大的成果就是方以智和李之藻一起创立了数学微积分，这也并不奇怪，王文素的《算学宝鉴》里就有过导数运算，整理研究中国历史数学资料多年，早已经完全掌握，加上钻研欧洲数学几何在编纂《崇祯历书》时使用发生的碰撞，到这一步微积分的问世也并不奇怪。
只是这样一来，从万有引力到微积分，牛顿的两大成果都已经易主，后人也不必为他和莱格尼兹谁是发明微积分第一人而头疼了，即便牛顿还能成为一个大科学家，他的成就也难免大损了。方以智和李之藻也各自成了伯爵和侯爵，李之藻之前因为和徐光启、李天经、伽里略、开普勒主持修编《崇祯历书》有功，完成时得封伯爵，这次也是晋爵。
这些科研成果虽然意义重大，但是和沈飞没有多大关系。沈飞在意的还是那些药方的改进。也已经取得了不小的成果，以“续命八丸”药方为基础，配以推演的“雪参玉蟾丸”、“天王保命丹”、“生生造化丹”的药方，续命疗伤的效果比原版大大增强，命名为“生生续命丹”。
原版“生生造化丹”一颗就能让中毒必死者续命三年，最多服三颗续命九年，“生生续命丹”避免了多次服用，配以其他灵药丹芳，一颗估计续命三十年不成问题，却也只能服一颗有效。
而“伏苓首乌丸”因为千年灵药只有各一株，药材有限，没有加入其他丹药配制，而是沈飞亲自出手，加入其他各种药物，像小说一样独立配制了80颗“伏苓首乌丸”，当然效果也比小说原版增加了三倍。
“生生续命丹”效果其实是偏向增加生命力续命的，疗伤只是副作用，而且用来疗伤太浪费了。为了治疗内伤，又进行减配，以“雪参玉蟾丸”、“天王保命丹”、“白云熊胆丸”和桃花岛系列药方为基础，钻研配制出加强版。沈飞让人试了试，无论多重的内伤，一颗足以痊愈，修炼内功者运功炼化药力见效极快，片刻可愈。普通人或者伤重无法运功者药力发挥慢一些，不过最多也是三天可以复原，鉴于其他药丸都是以主药命名，还是采用了“天王保命丹”名称。
而原来的改变筋骨的怪药“豹胎易筋丸”经过医学院一众高手联合研究，加入了很多中和同时也是减弱药性的药材，研究出了人人可以服用的一般有效版，不过增强筋骨的效果只有原先的三分之一，却是无副作用，命名为强筋壮骨丸。沈飞尽量避免在名称中出现主药，以免万一被其他丹药高手从中推断出配制思路。
而且强筋壮丹丸还能和天香断续胶混和使用，兼两者药效之长，不仅能治疗皮肉外伤，筋骨伤势也可以治愈，估计药力和药效已经不下于《倚天》世界里的黑玉断续膏了，这下治疗内伤和外伤的丹药都有了。
一研制出来无副作用的强筋壮丹丸沈飞就给了石敬岩一颗，而且破例传了他《九阳真经》内功和七伤拳、燃木刀法，标配云雁步和禹步。早在崇祯八年沈飞就已经把石电和吴殳师徒全收招进了江湖司，得知后来传吴殳峨嵋枪法的程真如也还在，就一起招揽，经过和普照大师与姬际可的六合枪法，流传在军中的杨家枪、马家枪、沙家竿子融合精简于一炉，又加入了《龙蛇演义》中的龙蛇枪和阴符枪，已经形成了历史上称为吴家（吴殳）枪法的终极枪法，因为已经在明军中推广，命名为“破阵枪法”。
历史上一些寿元将尽的重要人物都一一找到给了一颗生生续命丹并且分配了任务，徐弘祖就是其中之一，辽东光复以后的几年里，他已经走遍了辽东各地，直到刘兴祚最远开拓到的苦叶岛。这回转变了记述方式，是随走随记随出版，不再是像历史上那样积累三十多年的日记再一次性出版，当然这是有沿途各地方政府的配合。游遍了辽东以后，西域又纳入了版图，他又踏上了西行之路。
江湖司的基层人员已经扩编到3000人，2000人是从军中选拔，1000个是饥荒和兵祸留下的孤儿，其中女性500人。而且不是逐年扩充，而是在崇祯八年一步到位，因为修炼全真派内功修炼年限越长，功力越深，越早到位越有利，将来武功有成以后这些人打算像锦衣卫缇骑一样分驻各地。
这些基层人员传授武功的制度已成，已经不需要沈飞和完颜萍亲自主持，由安剑清出面安排。这些人修炼时间还短，《神雕》里全轮国师估计他需要二三十招才能拿下两个全真二代弟子联手，那两个二代弟子也已经到了中年，修炼二十年起步。就就算是组成阵法能联手对抗一方这个世界的一流高手也要修炼十年以上，现在还不敢放出去。
到崇祯十二年，江湖司的情报系统搜集到一件事。华山派的归二娘和孙仲君杀了几十个盗匪，这本来是江湖厮杀，起因也是他们想劫持孙仲君，不过后来后来归二娘和孙仲君又追到洪胜海家里，杀了洪胜海的一家五口，包括70岁的老娘、妻子和三个年幼的儿女，洪胜海不知所终。