一番调整下来，锐金旗掌旗使张士诚、副掌旗使张士信，巨木旗掌旗使傅友德、副掌旗使李伯升，洪水旗掌旗使方国珍、副掌旗使方国瑛，烈火旗掌旗使花云，副掌旗使汤和，厚土旗掌旗使吴良，副掌旗使吴祯。
这里人里三对是亲兄弟，其实方家张家还有几个兄弟，比如方国珍的哥哥方国璋，张士诚的哥哥张士德，也是杭州头目的待遇武功配置。为了不影响掌旗使的威望，没有留在五行旗里，调离到步兵中充当鸳鸯阵战队的将领了。
而且沈飞的五行旗编制和小说中杨逍在屠狮大会上指挥的光明顶总坛直属五行旗有所不同，光明顶的五行旗指挥方式是白旗号令锐金旗、青旗号令巨木旗、红旗号令烈火旗、黑旗号令洪水旗、黄旗号令厚土旗。沈飞的五行旗指挥系统则没有这样各旗和颜色的对应，而是按军事指挥的惯例把方位和旗帜对应起来。
这是戚继光十八卷《纪效新书》中总结过了，按中国历代军事指挥的常规：黄旗对应中军、红旗对应前军、白话对应右军、青旗代表左军、黑旗代表右军。锣鼓旗帜是古代军事指挥的核心，因此戚继光练兵第一条就是“练目耳”，就是要士兵明白各种乐器和旗帜颜色代表的指令含义，五种颜色的旗帜代表五个方位就是基本的一条。
比如“看右看齐”、“右军出动”等指令都是由白旗发布，与左方有关的指令则是由青旗发布，以此类推。极少扯着嗓子用口令发布命令，除非是一些极其复杂，光是旗令锣鼓表达不清楚含义的命令才通过传令兵用口令传达。
彭莹玉的九大“普字辈”核心弟子中，陈普文和赵普胜卸任掌旗使后留下成为彭莹玉的副手协助管理台湾，况普天掌握情报部门还主持杭州据点，以“蛤蟆功”为核心的《海蟾经》修炼进境极快，这段时间来已经有不少人的功力不下于“普”字辈，被提拔成头目，就有六个“普”字辈弟子空闲了下来。
就让这六个人带上一批骨干教官前往安徽，红巾军出兵北伐带走了大部分精兵，也就是郭子兴和郭天叙父子还留在那里，威望极高的“普”字辈弟子进入后很快就能架空他们掌握实权，再加上早就已经在安徽铺开的情报网和各项产业的配合，加上戚家军的训练方式极快的成军时间，很快就能把安徽也纳入沈飞的控制之下。
趁着现在安徽没有蒙元势力，训练军队、打造军器、加固城防、修筑工事、整修道路，已经是沈飞地盘的南方各省同样的事情，在安徽都是可以光明正大的干，等到把安徽也经营地铁桶一样，江西、山东、河南、湖北这些可都是相邻的省，随时可以进兵中原。接下来的缺的就只是时间了，为了应对以后扩张的人手准备，第三批葵花卫又是200人开始了训练。
转眼两年时间过去，这段时间北方风起云涌，被红巾军搅得天翻地覆。红巾军四路北伐的情形和历史上差不多，毛贵、续继祖、陈进统帅的东路军已经占领山东半岛大部，经营成了基地，过程中打得最长的一仗就是攻克济南。原来地方豪强和元军纷纷反正，田丰、余宝是其中代表。
在济南集结大军后，挥军北方直取蒙元心脏大都，已经攻克了大都屏障蓟州，前锋到达了离大都一百二十里的通县，不过部队伤亡也不小，目前主力正停驻在柳州，准备等待中路军会合军力大增后共同邀击大都。
李武、白不信统帅的中路军进击潼关，在河南、山西、陕西和元军答失八都鲁、察罕特穆儿部几经交战，互有胜负，对峙了一阵，白不信见潼关难克，就绕路从河南南阳与湖北襄阳的交界处武关进军关中，甩开元军主力与李武部会合，把关中搅得一片混乱。不过察罕特穆尔脱离答失八都鲁以后，迅速追到关中，中路军逐渐已经陷入了被动。
中路军由关铎、潘诚、沙刘和冯长舅统帅，从山东出发，攻克河北大名后，翻越大太山进入山西腹地，原本打算兵分居庸关和保定南北两路，配合东路军围攻大都。不过攻击保定不克，难以完成会合计划，从山西北上拿下完州以后攻克了重镇大同，打开了通过塞外的道路，杀向了蒙元老巢上都。
在这两年之中，沈飞继续进行着练兵、养马、打造车船军器、训练葵花卫这些常规项目，桃花岛上的第一批亲传弟子已经毕业，补充到了军队和南塘帮的情报部门，用移魂大法逼问口供，清理出了一大批各路奸细。
第二批500个性格沉静的亲传弟子已经选拔了出来上了桃花岛进行训练。而这个时候，不出一直算着时间的沈飞所料，一件推动剧情节点的事情发生了，张翠山一家回来了。