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公元794年，扶桑国桓武天煌决定将首都定在京都，并命人仿照唐朝首都长安的样子重新规建设京都，称之为“平安京”。从那之后，京都就作为扶桑国的正治、经济和文化的中心，实现了长久的发展和繁荣。但进入12世纪之后，扶桑陷入混乱的局面，京都也因此经常战火连天。在这个新旧体制更迭的时代，雄踞1方并占领京都的是平清盛（1118—1181年）及其1族——然而平氏家族对京都的统治并不长久。平清盛死后，各地发生叛乱。
乱世出英雄——扶桑历史上出现了源赖朝(1147—1199年)这个人，而源赖朝联合其弟弟源义经(1159—1189年)出兵横扫整个西扶桑，铲除了分散在各地的平清盛的势力，并在1185年的“壇之浦大战”中1举消灭了平清盛1族。之后，源赖朝被天煌册封为“征夷大将军”，并在远离京都的关东地区设立了镰仓幕府。自此，扶桑进入了镰仓时代（1185—1333年）。当时，由于长年战乱的发生，扶桑国皇室的实力被逐渐削弱。镰仓幕府成立之后，虽然天煌仍然坐镇京都，但扶桑的政治中心却也开始向关东地区转移。此后，在镰仓幕府掌控扶桑的100多年里，京都的政治色彩逐渐消退，直到后醍醐天煌（1288—1339年）的崛起。
镰仓时代末期，镰仓幕府内部的争斗频发，对各地诸侯的统治力度有所减弱。
各地诸侯也对镰仓幕府的统治积怨已久。1316年，年仅12岁的北条高时继承父位，成为镰仓幕府的执权（实为大将军）。这为各地诸侯的叛乱提供了有利的时机，各路势力蓄势待发。就在此时，后醍醐天煌（在位期间是1318—1336年）登基。为了将对扶桑的统治权重新夺回来，后醍醐天煌开始密谋各路诸侯起兵倒幕。经过多次失败后，后醍醐天煌终于获得诸侯足利高氏（1305—1358年）和新田义贞（1301—1338年）的支持，并在1333年成功战败北条政权。至此，镰仓时代结束，镰仓幕府对扶桑的统治也宣告终结。
后醍醐天煌在足利高氏的支持下将扶桑的统治权重新夺回之后，宣开始实行“建武新政”。“建武新政”实际上是后醍醐天煌为了巩固自己的专制统治而采取的1系列行动，包括废除当时邦良亲王的皇太子身份，重新册立自己的儿子恒良亲王为皇太子，以及将地方诸侯的兵权回收等。由于后醍醐天煌急于巩固自己的统治地位，使得执政行为频频出现差错，朝令夕改，赏罚不均，并损害了包括足利高氏在内的既得利益集团的直接利益，使得朝野内外怨声载道。1335年，掌握大量兵权的足利高氏起兵造反，1336年兵临京都城下，逼迫后醍醐天煌退位，并拥立光明天皇（在位期间是1336—1348年）为扶桑新天煌。
同年，足利高氏为了巩固自己的实权，在京都成立了室町幕府，并将光明天煌作为自己的傀儡。自此，扶桑进入了室町时代（1336—1573年）。由于室町幕府的总部位于京都室町，因扶桑的政治中心又1次回到了京都。政治上的相对稳定，也推动了京都的经济、文化等各个方面的发展，各种传统产业也重新得到了振兴。
然而安定的局面并没有持续太久。在室町幕府第8代将军足利义政（1436—1490年）在任期间发生了著名的“应仁之乱（1467—1477年）”。应仁之乱主要是幕府3管领中的细川胜元与4职中的山名宗全等守护大名的争斗，战火遍及除9州等部分地方以外的其他扶桑国土，战争持续了10年。双方的战斗以京都为主战场，战火几乎烧毁了大半个京都城区。
“应仁之乱”结束后，受到战乱严重打击的室町幕府无力回天，扶桑皇室贵族和商业权贵们纷纷逃离京都，市井百姓因战乱背井离乡，饥民遍野，4处逃荒。扶桑也由此进入了长达1个世纪的战国时代。时势造英雄！16世纪末期，丰臣秀吉（1537—1598年）在1591年1统扶桑天下，结束了长达1百多年的扶桑战国时代，京都也由此摆脱了战乱进入和平时期。
在丰臣秀吉的大力推动下，京都迅速从战乱的创伤中恢复并发展起来，再1次成为扶桑的政治、经济和文化的中心。斗转星移，到了17世纪初期，德川家康（1543—1616年）在关东地区的江户成立了江户幕府、扶桑国进入江户时代（1603—1868年）之后，扶桑国的政治中心再1次从京都转移到关东地区，但在从此之后到明治维新之前的长达两百6十多年的太平盛世里，扶桑国经济出现了资本主义萌芽，各地涌现出很多小企业和作坊，京都也与邻近的大阪1同崛起，作为扶桑国的“上方地域”实现了经济上的迅速发展。
江户时代末期，江户幕府已经不能掌控整个扶桑政权。同时，欧美列强的经济、军事入侵，打破了扶桑长期以来闭关锁国的政策。这虽然为扶桑带来了西方文明和文化，却也激发了扶桑国内进步人士推动社会制度改革的决心。为了推翻德川幕府的统治，1868年，萨摩藩、长洲藩等地方势力支持进步人士成立新明治官府，并发动了对德川幕府的总决战，这在扶桑历史上被称为“戊辰战争”。“戊辰战争”历时近2年，其中包括发生在京都的“鸟羽伏见之战”、发生于扶桑东北地区的“东北之战”等著名战役。最终，“戊辰战争”以德川幕府势力的战败而告终。就在同年的1869年，新明治官府宣布从京都迁都东京，实行明治维新。