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EVA世界里面第二次冲击发生的原因:
是【Seele】人为的引发了第二次冲击，目的是为了保证当时的人类不被当作祭品一样全灭。因为当【亚当】和【使徒】的接触，就会导致人类变成祭品促进这个生命的一个补完进程。
【Seele】就通过发动【第二次冲击】使【亚当胚胎化】并且捕捉起来。
最终付出全球一半人口的代价和大部分生物的凋亡保护了剩余的人类存活下来。同时雪藏【亚当胚胎】，不让【使徒】找到【亚当】来达到暂时无法发动补完目的。
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另外再说说【补完计划】，网上关于【补完计划】的资料我也是看了许多，但有好几个版本。在这为了让大家看本作时有个更清晰的【补完计划】概念，我把这些网上的【补完计划】的资料总结归纳了下，再加了点自己的理解。
1.【Seele的补完计划】：
目的：补完计划的目的便是把人类再次融合成初始的状态、回到莉莉斯体内。使众生汇聚成为一个单独完整的个体，你中有我我中有你，物种或者人与人之间不再有隔阂，不再有矛盾和战争。大家都能够清晰的明白以及理解各自的想法。
计划：当约定的时刻到来时，便是补完计划施行时。（也就是其他使徒都被消灭后）
【Seele】的最初计划是想把【莉莉丝】和【亚当】融合，利用【亚当】来提供仪式所需的能量（因为亚当有力量果实也就是S2机关）。再用【隆基努斯之枪】处决【莉莉斯和亚当的融合体】，从而还原出【生命之树】。通过这个逆向过程引发【反AT力场】，从而把人类的【心之壁】破坏，使其不能再维持个体的型态。然后人类的灵魂便会返回【灵魂之屋】也就是【黑之月】中，再通过【莉莉丝之卵】回归进入【莉莉丝】的体内，重新组合成一个大个体。
注意：因为老碇把朗枪丢到宇宙，导致Seele无法直接执行处决了。这就让Seele有点腻味了，便需要绕点弯路了，执行备用计划了。
因此【Seele】就挑选了【初号机】作为处决对象，毕竟【初号机】是复制的【莉莉丝】造出的机体。
再加上【初号机】觉醒了，拥有了S2机关（生命果实）以及人类的灵魂（真嗣）。所以【Seele】退而求其次的选择用【初号机】来执行处决，不过因为【Seele】暂时没有了【郎基奴斯长枪】，他们就只能靠造出的【量产机】作为祭品来发动【远古仪式】。
这样【远古仪式】发动后，就能自动会吸引回【朗枪】，从而达到再施行处决【莉莉丝分身】也就是【初号机】的目的。从而引发三冲来回归【莉莉丝】，等于这备用计划就是绕了个远路，但最终的目标结果是一样的。
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2.【碇源堂的补完计划】：
当【老碇】自身吞下【亚当】后，就可化身【亚当】去融合【莉莉丝的肉体和灵魂】。之后融合完毕再回归【莉莉丝之卵】内，引发三冲从而献祭所有【旧世纪物种】，来让【新的生命之树】重新长出，就此在【生命之树】上诞生出新的超级生命形态。
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注意：实际上原著里并没说第二使徒是谁，【第二使徒是莉莉丝】的说法是从2003年末的PS2游戏EVA2设定中来的。由于事后该游戏被GAINAX官方与所认可，故有些观众因而认为第二使徒就是莉莉斯。
本作也懒得折腾了，就直接用了第二使徒是莉莉丝的设定。
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3.额外的其他设定：
【老碇】剧本：
胚胎化的亚当身体被老碇暗中掌握，而灵魂当然在【渚薰】身上。从原作tv版本来看，【碇司令】是希望自己【成神】，但是【成神】的必要条件就是融合【亚当】和【莉莉丝】，所以老碇才会把亚当的肉体和右手融合，就为了让他自己掌握【成神条件】。再接着自己控制着【莉莉丝的灵魂】，从而让【莉莉丝】选择他来融合。
为了看起来合理点，在此作的设定里面就让【碇司令】有办法顶替现有的【亚当权能】位置，也就是替代【渚薰】成为【第一使徒】。为了更加合理，设定在同一时空内不能存在多个【亚当】，也为了【渚薰】后面剧情里面自动堕落成第二十个使徒做个铺垫。
【Seele】剧本：
【Seele】是能看到《死海文书》的预言，所以设定【Seele】为了控制约定的时间来临，把握发动补完的时机。
就人造一个【使徒】肉体抽出了【亚当的灵魂】，就此诞生【渚熏】附体，来触发本该原作EVA中【第十七使徒】应该完成做的事情。
注意：此处是我自己加的设定，仅仅是为了本作的剧情需要，在此的【渚薰】诞生方式和原著的不一样。
预言之书里面只说了什么事情会发生，既然找了个替代品做完了最终应该做的事情，那原有的使徒有没有都无所谓了。这样就可以达到掌握【约定的时刻】的到来，更好利于他们的人类补完计划的发动。所以这个设定是基于本作里面所有的使徒数目和权能都是个定数来附加的。