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其实不仅仅是明末穷，整个明代都在为财政收入抓破头，因为明代建立时确立的税收制度就存在问题，后来的一系列财政改革也不过是在原有的制度上修修补补。
朱元璋的制度，简而言之就是“划地为牢”。每一户都有固定的不可轻易改变的户籍，主要是民户，要缴田税，要服差役。其次是军户，要服军役，当兵是为国家服特殊的差役，还有负责屯田。三为灶户，负责煮盐缴盐税。其它的还有医户、匠户、渔户等等。朱元璋设计的理想社会，是每个人都有固定的职业，父死子继兄终弟及，世世代代一直维持下去。民户之上有里甲制度，一百一十户为一里。军户之上有卫所。灶户有盐场。官府收税，以民户为例，只要在每个县按照户口数、田地等则（田地质量、收成）确定每年应上缴的夏秋粮食，记到黄册里。每隔十年再清查一次，重新造册。只要地方官员用心，百姓听话，财政收入就不会有问题。
但社会不可能不发展，人不可能一辈子只做一件事情。而时间一久，贫富差距就会出现。所以就会出现田地的买卖。本来田地的买卖要到官府登记，明确纳税人。但这项制度得不到保障，也有人钻空子，慢慢的也就不知道这块田到底要由谁负责上税了。一个县面积大人口多，官员却只有十几个人，不可能彻底的控制，想收税也收不起来。有些聪明人还买通里胥，说堤坝垮啦，自己的田被水冲啦，于是这块田就再也不用收税了。官府的人也常常不过问，就把原有应该交的税摊派到别的田里去。举一例子。某县有田一百亩，要收一百石粮食，也就是一亩收一石的粮食。某次有人说自己家十亩地被冲走了，所以能上税的田就只剩下九十亩。但官府还是要求这个县每年缴纳一百石的粮食，所以每亩地就要缴纳一石多的粮食。很多人受不了这么重的田税，或者跑掉，或者把田隐占起来。到后来就越来越收不上田税。
卫所屯田也是类似的情况。屯田本应该是国家的财产，到英宗的时候基本上就变成个人私产了。种多少地交多少税谁也不知道，很多田还被军官侵夺。这就是土地兼并。军官还扣押军饷，很多军户受不也跑掉了。军官呢，不单单收了土地，还把剩余的钱拿出来做生意，开妓院，海上跑走私。
盐税也是一样的。盐户的课税太重，很多人就跑掉了，也有直接就下海当海盗的。当了海盗又反过来四处上岸打劫。其实整个明代江浙闽粤沿海一带都不太平，只是嘉靖时候打倭寇，造成一种嘉靖时期沿海突然动乱的历史叙述。所以沿海的灶户也缴不起税。