他和黎元洪为权力大起争执，黎元洪败阵，是因为没有后盾；但是当实力也不弱的冯国璋上台后，两人逐渐因政见不和而大起争执。
段祺瑞与冯国璋两人虽然同属北洋阵营，却是分别隶属于不同的派系：直系与皖系。两位冤家在袁大总统尸骨未寒之际其实就正式翻脸，连带着各省的将军们也纷纷站队，从而形成中国近代历史上蔚为壮观的北洋军阀直皖两大派系。
这时候，直系势力主要分布在江苏、山东、北京、河北、江西，在京津算是主场；而皖系则占有陕西、安徽、浙江，以及段祺瑞连任七届陆军总长在中|央政|府所培植起来的深厚的人脉和势力。除此之外，以孙逸仙为首的“护法运动”力量也将在广东组建护法政|府并担任大元帅，与北方形成对峙。
直系为英美所支持；皖系则由日本扶持；而广东政权，则同时与英日相呼应，但为国际社会主流所不承认。如果时空不转移的话，在不久后即倒向苏俄，从而形成孙逸仙“联俄容共，扶助农工”的政策。
此时的奉系，尚未完成力量的整合，并未在政治舞台上有比较大的能量。但是前三者的纷争，标志着近代中国正式进入最混乱的军阀时代。
现有力量，段祺瑞自忖未必能对冯国璋占有优势，如果有机会再增加几支军队，形势就不可同日而语了，这也是段祺瑞力主支持对德宣战的私心。由于此时国家兵力大都为各省督军掌握，完整意义上的“国防军”尚不存在，段祺瑞便想趁机重开炉灶另行招兵买马，这样，著名的“中国参战军”新鲜出炉了。
这支符合段总理心愿的队伍初定是六个师，这样就完全对其它北洋军造成压倒性的优势。但是因为代价过大而遭到冯国璋的吐槽，呵，国库的钱都给你扩军去了，要对付谁啊？！最后没办法，参战军最后缩编成了三个师及三个混成旅。
同北洋军类似的是编制，但是火力明显增强了，因为炮兵实实在在增加了，不是虚挂。这三个师都辖一个完整的炮兵团，仿日式编制36门炮；旅增一个12门炮的山炮营；团则增一个4门炮编制的步兵炮连；很重要的是机枪下放到营级。从整体装备实力看，它胜过北洋军的任何一个师。
混成旅辖3个步兵团及装备有炮兵营、工兵营、通讯营，与当初张汉卿带领下的卫队旅的建制几近雷同（当然是雷同，本来当初张汉卿就是克隆他的独|立旅嘛）。重炮一时筹措不及，也同张汉卿一样，先建架构再说，未来编制是辖一个野炮营。至少，未来打着“中国参战军”的名义，要饷要枪方便不是？
此外还有一支含重炮营、装甲汽车连的训练处。
段祺瑞借着欧战的机缘，接管了这支中国参战军（因为司令是他的亲信徐树铮），实力大增。如果最后练成，他的势力将会凌驾于各方之上，成为继袁世凯之后中国最有权势的人，没有之一。
编制出来了，也在天津小站开始招兵买马了，一个很正常也很让人头痛的问题始终没能解决，那就是经费。大炮一响，黄金万两。要建设一支能够在小范围内与欧洲列强相媲美的新式军队，光装备都是一笔不小的开支。虚弱的国库是不行的，当初老袁为了应付西南与东南的“护国战争”，几乎掏光了家底，钱从何来？
重武器中国没有能力建造也缺少添置的经费就算了，轻武器也造不来，还要向东邻日本购买，这真是中国的耻辱。但是形势比人强，没有办法呐！